PlantPromoterDB promoter information of AT5G10695

Summary of Gene (AT5G10695)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G10695 TAIR NCBI
Gene model	AT5G10695
Description	unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G57123.1); Has 54 Blast hits to 54 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 54; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3376817-3378016)

`Genome position from initiation codon` `AT5G10695.1 TSS from cDNA TSS information AT5G10695 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G10690.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G10695

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 3377749 -68

TSS peak G 5 + 3377752 -65

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	3377749	-68
TSS peak	`G`	5	+	3377752	-65

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 3377753 -64

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	3377753	-64

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTTATAAATA + 3377715 3377725 -102 -92

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTTATAAATA`	+	3377715	3377725	-102	-92
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGGGTCGA + 3377475 3377482 -342 -335

AtREG539 CGGGTCGA PPDB Motif PLACE Motif

REG ATTTGGGCCTTG + 3377514 3377525 -303 -292

AtREG421 ATTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG398     GGGCCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TTAAAGCCCAATAT + 3377537 3377550 -280 -267

AtREG545 TTAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402     AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355      GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509       CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TTGACTTT + 3377577 3377584 -240 -233

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGGGTCGA`		+	3377475	3377482	-342	-335
	AtREG539	`CGGGTCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCCTTG`		+	3377514	3377525	-303	-292
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG398	`GGGCCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TTAAAGCCCAATAT`		+	3377537	3377550	-280	-267
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG509	`CCCAATAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTGACTTT`		+	3377577	3377584	-240	-233
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 3377454 AT5G10690.1

TSS clone peak G clone - 3377376 AT5G10690.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	3377454	AT5G10690.1
TSS clone peak	`G`	clone	-	3377376	AT5G10690.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTCC - 3377420 3377427 AT5G10690.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTCC`	-	3377420	3377427	AT5G10690.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCGACCCG - 3377475 3377482 AT5G10690.1

AtREG539 TCGACCCG PPDB Motif PLACE Motif

REG CAAGGCCCAAAT - 3377514 3377525 AT5G10690.1

AtREG398 CAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353 AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373    GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG421     GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATATTGGGCTTTAA - 3377537 3377550 AT5G10690.1

AtREG509 ATATTGGG       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    TTGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376     TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365      GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545       GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAGTCAA - 3377577 3377584 AT5G10690.1

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG CCGCGTTA - 3377748 3377755 AT5G10690.1

AtREG488 CCGCGTTA SA PPDB Motif PLACE Motif