PlantPromoterDB promoter information of AT5G10710.1

Summary of Gene (AT5G10710.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G10710 TAIR NCBI
Gene model	AT5G10710.1
Description	protein binding; FUNCTIONS IN: protein binding; INVOLVED IN: chromosome segregation, cell division; LOCATED IN: chromosome, centromeric region, nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Centromere protein Cenp-O (InterPro:IPR018464); Has 27 Blast hits to 27 proteins in 11 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 11; Fungi - 0; Plants - 16; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3378619-3379818)

`Genome position from initiation codon` `AT5G10710.2 TSS from cDNA TSS information AT5G10710.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G10700.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G10710.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 3379050 -569

TSS clone peak A clone + 3379051 -568

TSS clone C clone + 3379080 -539

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	3379050	-569
TSS clone peak	`A`	clone	+	3379051	-568
TSS clone	`C`	clone	+	3379080	-539

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCCTTTC + 3379077 3379084 -542 -535

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCCTTTC`	+	3379077	3379084	-542	-535
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAACGCTGCG + 3378838 3378847 -781 -772

AtREG626 AAACGCTG   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG369   ACGCTGCG PPDB Motif PLACE Motif

REG CTTAATGGGCTTTTA + 3378914 3378928 -705 -691

AtREG604 CTTAATGG        PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG396 TTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357   TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372    AATGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378     ATGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376      TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409       GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549        GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAACGGCA + 3378997 3379005 -622 -614

AtREG613 TAAACGGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG500 AAACGGCA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAACGCTGCG`		+	3378838	3378847	-781	-772
	AtREG626	`AAACGCTG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG369	`ACGCTGCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTTAATGGGCTTTTA`		+	3378914	3378928	-705	-691
	AtREG604	`CTTAATGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAACGGCA`		+	3378997	3379005	-622	-614
	AtREG613	`TAAACGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG500	`AAACGGCA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak C 4 - 3378874 AT5G10700.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`C`	4	-	3378874	AT5G10700.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCTCTCC - 3378847 3378854 AT5G10700.1

Y Patch CGTCTTCC - 3378874 3378881 AT5G10700.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCTCTCC`	-	3378847	3378854	AT5G10700.1
Y Patch	`CGTCTTCC`	-	3378874	3378881	AT5G10700.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAAAGCCCATTAAG - 3378914 3378928 AT5G10700.1

AtREG549 TAAAAGCC        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372     AGCCCATT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396       CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604        CCATTAAG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG TGCCGTTTA - 3378997 3379005 AT5G10700.1

AtREG500 TGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG613 GCCGTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG ACGGTTTAA - 3379155 3379163 AT5G10700.1

AtREG652 ACGGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG473 CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif