version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G11270.1

Summary of Gene (AT5G11270.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G11270  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G11270.1  
Description Encodes a homeodomain transcription factor involved in mediating resistance to infection by necrotrophic pathogens dependent on perception of jasmonic acid through COI1. Expressed in the nucleus. Downregulated upon fungal infection. Also involved in drought tolerance.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3598076-3596877)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G11270.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence








 
AT5G11280.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence












 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G11270.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG2-3597099-23
TSS peakA2-3597083-7

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone-3597098-22
TSS cloneAclone-3597095-19
TSS cloneAclone-3597083-7

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCATATAAAAA-35971223597131-46-55
Y PatchCGTCTCTC-359703435970414235
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTAAACGACGTCGTTTA-35971403597155-64-79
 AtREG415 AAACGACGTCGTTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG493  AACGACGTCGTT   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG431   ACGACGTCGT    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG565TAAACGACGTCGTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTAAACGACACG-35972083597218-132-142
 AtREG565TAAACGAC    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569 AAACGACA   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG527  AACGACAC DREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG428   ACGACACGABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAACGACGA-35972393597246-163-170
 AtREG648AACGACGA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGTAAACCGA-35973783597386-302-310
 AtREG519GTAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TAAACCGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA15+3597257AT5G11280.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+3597257AT5G11280.1
TSS cloneAclone+3597258AT5G11280.1
TSS cloneCclone+3597259AT5G11280.1
TSS cloneTclone+3597297AT5G11280.1
TSS cloneCclone+3597310AT5G11280.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTTATAAAG+35972153597223AT5G11280.1
Y PatchCATCTCTCTCTCTCTCTCT+35972753597293AT5G11280.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAACGACG+35970133597021AT5G11280.1
 AtREG520AAAACGAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG415 AAACGACG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACGACGCC+35970393597046AT5G11280.1
 AtREG537ACGACGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGGCTTTTA+35970653597072AT5G11280.1
 AtREG549GGCTTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTAAACGACGTCGTTTA+35971403597155AT5G11280.1
 AtREG415 AAACGACGTCGTTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG493  AACGACGTCGTT   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG431   ACGACGTCGT    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG565TAAACGACGTCGTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCGTGTCGTT+35972083597216AT5G11280.1
 AtREG428CGTGTCGT ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG527 GTGTCGTTDREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.