version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G11450.1

Summary of Gene (AT5G11450.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G11450  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G11450.1  
Description oxygen-evolving complex-related; FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: photosynthesis; LOCATED IN: thylakoid, thylakoid lumen, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast thylakoid lumen, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Photosystem II oxygen evolving complex protein PsbP (InterPro:IPR002683), Mog1/PsbP/DUF1795, alpha/beta/alpha sandwich (InterPro:IPR016124), Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich (InterPro:IPR016123); Has 81 Blast hits to 81 proteins in 22 species: Archae - 0; Bacteria - 22; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 59; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3653475-3654674)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G11450.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence





 
AT5G11440.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G11450.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG8+3654419-56

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+3654430-45
TSS cloneAclone+3654443-32

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACCCGGTTAT+36543043654313-171-162
 AtREG455ACCCGGTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG548  CCGGTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGTTTAACCGG+36543213654329-154-146
 AtREG645TTTAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG501 TTAACCGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGTTCGGTTTAATAAACCGA+36543573654374-118-101
 AtREG568TTCGGTTT           PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473  CGGTTTAA         PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG598         ATAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TCGGTTTA TAAACCGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA5-3654062AT5G11440.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTTCTTC-36540163654024AT5G11440.1
Y PatchTTCCTTCT-36540513654058AT5G11440.1
Y PatchTTTCTTCTTCTCCT-36540943654107AT5G11440.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATAACCGGGT-36543043654313AT5G11440.1
 AtREG548ATAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG455  AACCGGGT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCCGGTTAAA-36543213654329AT5G11440.1
 AtREG501CCGGTTAA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG645 CGGTTAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.