PlantPromoterDB promoter information of AT5G12130.1

Summary of Gene (AT5G12130.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G12130 TAIR NCBI
Gene model	AT5G12130.1
Description	PIGMENT DEFECTIVE 149 (PDE149); INVOLVED IN: thylakoid membrane organization; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, integral to membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Integral membrane protein TerC (InterPro:IPR005496); Has 2303 Blast hits to 2303 proteins in 668 species: Archae - 4; Bacteria - 1555; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 21; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 721 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 3918613-3919812)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G12130.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G12120.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G12130.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 3919594 -19

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	3919594	-19

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAGTCAA + 3919351 3919358 -262 -255

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG AAAACCGGAAA + 3919460 3919470 -153 -143

AtREG542 AAAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 AAACCGGA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534   AACCGGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG644    ACCGGAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAACCGAA + 3919476 3919483 -137 -130

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GAAACGACA + 3919528 3919536 -85 -77

AtREG576 GAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif

REG CGTTTTGA + 3919538 3919545 -75 -68

AtREG653 CGTTTTGA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAGTCAA`		+	3919351	3919358	-262	-255
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`AAAACCGGAAA`		+	3919460	3919470	-153	-143
	AtREG542	`AAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG534	`AACCGGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG644	`ACCGGAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAACCGAA`		+	3919476	3919483	-137	-130
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GAAACGACA`		+	3919528	3919536	-85	-77
	AtREG576	`GAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CGTTTTGA`		+	3919538	3919545	-75	-68
	AtREG653	`CGTTTTGA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 5 - 3918718 AT5G12120.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	5	-	3918718	AT5G12120.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 3918656 AT5G12120.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	3918656	AT5G12120.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCCTCT - 3918671 3918679 AT5G12120.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCCTCT`	-	3918671	3918679	AT5G12120.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTCGGTTT - 3918821 3918828 AT5G12120.1

AtREG568 TTCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif