PlantPromoterDB promoter information of AT5G13190.1

Summary of Gene (AT5G13190.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G13190 TAIR NCBI
Gene model	AT5G13190.1
Description	INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: LPS-induced tumor necrosis factor alpha factor (InterPro:IPR006629); Has 21 Blast hits to 21 proteins in 10 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 19; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 4207205-4206006)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G13190.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G13200.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G13190.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 4206379 -174

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	4206379	-174

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 4206440 -235

TSS clone G clone - 4206379 -174

TSS clone T clone - 4206270 -65

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	4206440	-235
TSS clone	`G`	clone	-	4206379	-174
TSS clone	`T`	clone	-	4206270	-65

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCC - 4206351 4206358 -146 -153

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCC`	-	4206351	4206358	-146	-153
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAAGGCCCATTAAG - 4206486 4206500 -281 -295

AtREG459 AAAAGGCC        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396       CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604        CCATTAAG PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

REG ATTAGGCCTTTTGAGCCCAATAT - 4206528 4206550 -323 -345

AtREG506 ATTAGGCC                PPDB Motif PLACE Motif

AtREG459     GGCCTTTT            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG485            TGAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG533             GAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402              AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355               GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509                CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAAGGCCCATTAAG`		-	4206486	4206500	-281	-295
	AtREG459	`AAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG604	`CCATTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`ATTAGGCCTTTTGAGCCCAATAT`		-	4206528	4206550	-323	-345
	AtREG506	`ATTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG485	`TGAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG533	`GAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG509	`CCCAATAT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone + 4207015 AT5G13200.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	4207015	AT5G13200.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTATAAATT + 4206978 4206987 AT5G13200.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTATAAATT`	+	4206978	4206987	AT5G13200.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CTTATTGG + 4206868 4206875 AT5G13200.1

AtREG611 CTTATTGG PPDB Motif PLACE Motif

REG AACCGCGTTTTA + 4206949 4206960 AT5G13200.1

AtREG441 AACCGCGT     Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG566    CGCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG564     GCGTTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif