PlantPromoterDB promoter information of AT5G13280.1

Summary of Gene (AT5G13280.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G13280 TAIR NCBI
Gene model	AT5G13280.1
Description	Asp kinase inhibited by Lys and S-adenosylmethionine. Contains regulatory domains that belong to the ACT domain family, which allow binding to a extreme variety of ligands. Can function as a monomer or as a dimer with acetohydroxyacid synthase (HSDH).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 4248516-4249715)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G13280.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G13270.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G13280.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 4249438 -78

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	4249438	-78

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 4249452 -64

TSS clone C clone + 4249506 -10

TSS clone T clone + 4249510 -6

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	4249452	-64
TSS clone	`C`	clone	+	4249506	-10
TSS clone	`T`	clone	+	4249510	-6

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCCTTCT + 4249411 4249418 -105 -98

Y Patch TCTCTCAT + 4249425 4249432 -91 -84

Y Patch TTTCTCTCCTCTTCTT + 4249455 4249470 -61 -46

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCCTTCT`	+	4249411	4249418	-105	-98
Y Patch	`TCTCTCAT`	+	4249425	4249432	-91	-84
Y Patch	`TTTCTCTCCTCTTCTT`	+	4249455	4249470	-61	-46
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATAACCGGAA + 4249160 4249169 -356 -347

AtREG548 ATAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG621 TAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG534   AACCGGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAACGACA + 4249263 4249270 -253 -246

AtREG569 AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif

REG GGGTCAAA + 4249332 4249339 -184 -177

AtREG592 GGGTCAAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG TAAACGACAGCGTTTTA + 4249361 4249377 -155 -139

AtREG565 TAAACGAC          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG626        CAGCGTTT   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG564          GCGTTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG GACCCGAA + 4249385 4249392 -131 -124

AtREG597 GACCCGAA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATAACCGGAA`		+	4249160	4249169	-356	-347
	AtREG548	`ATAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG621	`TAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG534	`AACCGGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAACGACA`		+	4249263	4249270	-253	-246
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGGTCAAA`		+	4249332	4249339	-184	-177
	AtREG592	`GGGTCAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
REG	`TAAACGACAGCGTTTTA`		+	4249361	4249377	-155	-139
	AtREG565	`TAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG626	`CAGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG564	`GCGTTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`GACCCGAA`		+	4249385	4249392	-131	-124
	AtREG597	`GACCCGAA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None