PlantPromoterDB promoter information of AT5G13440.1

Summary of Gene (AT5G13440.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G13440 TAIR NCBI
Gene model	AT5G13440.1
Description	ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial, putative / Rieske iron-sulfur protein, putative; FUNCTIONS IN: metal ion binding; INVOLVED IN: oxidation reduction; LOCATED IN: mitochondrion, mitochondrial respiratory chain complex III; EXPRESSED IN: guard cell, cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit (InterPro:IPR006317), Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain (InterPro:IPR017941), Rieske [2Fe-2S] region (InterPro:IPR005806), Rieske iron-sulphur protein (InterPro:IPR014349), Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region (InterPro:IPR004192); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial, putative / Rieske iron-sulfur protein, putative (TAIR:AT5G13430.1); Has 3953 Blast hits to 3953 proteins in 832 species: Archae - 4; Bacteria - 1423; Metazoa - 206; Fungi - 100; Plants - 334; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1886 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 4311022-4309823)

`Genome position from initiation codon` `AT5G13450.1 AT5G13450.2 TSS from cDNA TSS information AT5G13440.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G13440.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak C 4 - 4310053 -31

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`C`	4	-	4310053	-31

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 4310142 -120

TSS clone A clone - 4310140 -118

TSS clone G clone - 4310078 -56

TSS clone T clone - 4310077 -55

TSS clone G clone - 4310059 -37

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	4310142	-120
TSS clone	`A`	clone	-	4310140	-118
TSS clone	`G`	clone	-	4310078	-56
TSS clone	`T`	clone	-	4310077	-55
TSS clone	`G`	clone	-	4310059	-37

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATGCCACG - 4310260 4310267 -238 -245

AtREG448 ATGCCACG ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG GTTGGGCTAA - 4310332 4310341 -310 -319

AtREG574 GTTGGGCT PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG571 TGGGCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATGCCACG`		-	4310260	4310267	-238	-245
	AtREG448	`ATGCCACG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`GTTGGGCTAA`		-	4310332	4310341	-310	-319
	AtREG574	`GTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG571	`TGGGCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None