PlantPromoterDB promoter information of AT5G13650

Summary of Gene (AT5G13650)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G13650 TAIR NCBI
Gene model	AT5G13650
Description	elongation factor family protein; FUNCTIONS IN: GTP binding, translation elongation factor activity, GTPase activity; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2 (InterPro:IPR004161), Translation elongation factor EFG/EF2, C-terminal (InterPro:IPR000640), GTP-binding protein TypA (InterPro:IPR006298), Protein synthesis factor, GTP-binding (InterPro:IPR000795), Elongation factor G, III and V (InterPro:IPR009022), Translation elongation and initiation factors/Ribosomal, beta-barrel (InterPro:IPR009000); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: elongation factor family protein (TAIR:AT2G31060.2); Has 52040 Blast hits to 46861 proteins in 4222 species: Archae - 904; Bacteria - 26711; Metazoa - 3006; Fungi - 1714; Plants - 1188; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 18517 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 4396821-4398020)

`Genome position from initiation codon` `AT5G13640.1 AT5G13650.1 AT5G13650.2 TSS from cDNA TSS information AT5G13650 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G13650

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 10 + 4397748 -73

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	10	+	4397748	-73

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 4397777 -44

TSS clone T clone + 4397778 -43

TSS clone T clone + 4397790 -31

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	4397777	-44
TSS clone	`T`	clone	+	4397778	-43
TSS clone	`T`	clone	+	4397790	-31

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTCCTCTCC + 4397728 4397739 -93 -82

Y Patch CCCTCTCTCTCCC + 4397764 4397776 -57 -45

Y Patch TTCTCTTCTCC + 4397778 4397788 -43 -33

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTCCTCTCC`	+	4397728	4397739	-93	-82
Y Patch	`CCCTCTCTCTCCC`	+	4397764	4397776	-57	-45
Y Patch	`TTCTCTTCTCC`	+	4397778	4397788	-43	-33
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTAAGGCC + 4397570 4397577 -251 -244

AtREG577 CTAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAGTCGG + 4397641 4397648 -180 -173

AtREG582 TAAGTCGG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

REG GACGTGGCTT + 4397659 4397668 -162 -153

AtREG388 GACGTGGC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG450 ACGTGGCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG608 CGTGGCTT ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTAAGGCC`		+	4397570	4397577	-251	-244
	AtREG577	`CTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAGTCGG`		+	4397641	4397648	-180	-173
	AtREG582	`TAAGTCGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`GACGTGGCTT`		+	4397659	4397668	-162	-153
	AtREG388	`GACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG450	`ACGTGGCT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG608	`CGTGGCTT`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None