PlantPromoterDB promoter information of AT5G13700.1

Summary of Gene (AT5G13700.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G13700 TAIR NCBI
Gene model	AT5G13700.1
Description	Encodes a protein with polyamine oxidase activity. The mRNA of this gene is only expressed in very low amounts in the organs where it was detected (light-grown plants).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 4423974-4422775)

`Genome position from initiation codon` `AT5G13710.1 AT5G13710.2 TSS from cDNA TSS information AT5G13700.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G13700.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 4423033 -59

TSS clone peak A clone - 4423032 -58

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	4423033	-59
TSS clone peak	`A`	clone	-	4423032	-58

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTCTATATATATAAACC - 4423056 4423073 -82 -99

Y Patch CTCCTTCTCCTCT - 4423019 4423031 -45 -57

Y Patch CTTCCTCTCTCTCTCTCT - 4423069 4423086 -95 -112

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTCTATATATATAAACC`	-	4423056	4423073	-82	-99
Y Patch	`CTCCTTCTCCTCT`	-	4423019	4423031	-45	-57
Y Patch	`CTTCCTCTCTCTCTCTCT`	-	4423069	4423086	-95	-112
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACACGCGT - 4423128 4423135 -154 -161

AtREG536 ACACGCGT ABA, Drought PPDB Motif PLACE Motif ACACNNG

REG AAGCGCGT - 4423141 4423148 -167 -174

AtREG492 AAGCGCGT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG TCAGGCCCGT - 4423236 4423245 -262 -271

AtREG374 TCAGGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG429   AGGCCCGT PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif GGGCC

REG TTATTGGGCTTTA - 4423252 4423264 -278 -290

AtREG417 TTATTGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    TTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376     TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365      GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAGTGGGCCATA - 4423269 4423280 -295 -306

AtREG532 TAGTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG437    TGGGCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG479     GGGCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACACGCGT`		-	4423128	4423135	-154	-161
	AtREG536	`ACACGCGT`	ABA, Drought	PPDB Motif		PLACE Motif	`ACACNNG`
REG	`AAGCGCGT`		-	4423141	4423148	-167	-174
	AtREG492	`AAGCGCGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`TCAGGCCCGT`		-	4423236	4423245	-262	-271
	AtREG374	`TCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG429	`AGGCCCGT`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TTATTGGGCTTTA`		-	4423252	4423264	-278	-290
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAGTGGGCCATA`		-	4423269	4423280	-295	-306
	AtREG532	`TAGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG437	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG479	`GGGCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None