version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G14110.1

Summary of Gene (AT5G14110.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G14110  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G14110.1  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: anchored to membrane; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G01950.1); Has 168 Blast hits to 167 proteins in 11 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 168; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 4552876-4551677)

Genome position     
from initiation codon
AT5G14100.1         
AT5G14105.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G14110.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence












 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G14110.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4-4551772AT5G14100.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-4551732AT5G14100.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAAGCCCAATTAAGGCCCATTC-45518294551851AT5G14100.1
 AtREG409AAAAGCCC                PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376 AAAGCCCA               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  AAGCCCAA              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402   AGCCCAAT             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG418    GCCCAATT            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG600     CCCAATTA           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG416          TTAAGGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG351           TAAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353            AAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354             AGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG361              GGCCCATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG643               GCCCATTC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCGTTAAA-45518714551878AT5G14100.1
 AtREG610CCGTTAAA PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.