PlantPromoterDB promoter information of AT5G14120

Summary of Gene (AT5G14120)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G14120 TAIR NCBI
Gene model	AT5G14120
Description	nodulin family protein; LOCATED IN: plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nodulin-like (InterPro:IPR010658), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nodulin family protein (TAIR:AT3G01930.2); Has 1558 Blast hits to 1511 proteins in 424 species: Archae - 7; Bacteria - 707; Metazoa - 14; Fungi - 166; Plants - 321; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 343 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 4551358-4552557)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G14120 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G14100.1 AT5G14105.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G14120

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 4555845 -463

TSS peak A 51 + 4556163 -145

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	4555845	-463
TSS peak	`A`	51	+	4556163	-145

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 4555840 -468

TSS clone A clone + 4556159 -149

TSS clone G clone + 4556160 -148

TSS clone T clone + 4556230 -78

TSS clone A clone + 4556237 -71

TSS clone T clone + 4556254 -54

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	4555840	-468
TSS clone	`A`	clone	+	4556159	-149
TSS clone	`G`	clone	+	4556160	-148
TSS clone	`T`	clone	+	4556230	-78
TSS clone	`A`	clone	+	4556237	-71
TSS clone	`T`	clone	+	4556254	-54

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTCT + 4556199 4556207 -109 -101

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTCT`	+	4556199	4556207	-109	-101
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTCCACGT + 4555568 4555575 -740 -733

AtREG627 TTCCACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CGTAATTA + 4556022 4556029 -286 -279

AtREG646 CGTAATTA ABA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTCCACGT`		+	4555568	4555575	-740	-733
	AtREG627	`TTCCACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`CGTAATTA`		+	4556022	4556029	-286	-279
	AtREG646	`CGTAATTA`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 - 4551772 AT5G14100.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	-	4551772	AT5G14100.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 4551732 AT5G14100.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	4551732	AT5G14100.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAAGCCCAATTAAGGCCCATTC - 4551829 4551851 AT5G14100.1

AtREG409 AAAAGCCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402    AGCCCAAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG418     GCCCAATT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG600      CCCAATTA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG416           TTAAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351            TAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353             AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354              AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361               GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG643                GCCCATTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCGTTAAA - 4551871 4551878 AT5G14100.1

AtREG610 CCGTTAAA PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR