PlantPromoterDB promoter information of AT5G15120

Summary of Gene (AT5G15120)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G15120 TAIR NCBI
Gene model	AT5G15120
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1637 (InterPro:IPR012864); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G39890.1); Has 239 Blast hits to 239 proteins in 70 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 84; Fungi - 0; Plants - 130; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 25 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 4897814-4899013)

`Genome position from initiation codon` `AT5G15120.1 TSS from cDNA TSS information AT5G15120 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G15120

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 4898578 -236

TSS peak A 13 + 4898749 -65

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	4898578	-236
TSS peak	`A`	13	+	4898749	-65

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 4898737 -77

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	4898737	-77

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCTT + 4898723 4898730 -91 -84

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCTT`	+	4898723	4898730	-91	-84
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGTCAAA + 4898290 4898297 -524 -517

AtREG592 GGGTCAAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG ATAAACCGG + 4898481 4898489 -333 -325

AtREG598 ATAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AACCGGGTT + 4898502 4898510 -312 -304

AtREG455 AACCGGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG516 ACCGGGTT PPDB Motif PLACE Motif

REG GTAAACCGA + 4898514 4898522 -300 -292

AtREG519 GTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AGCCCATA + 4898627 4898634 -187 -180

AtREG477 AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGTCAAA`		+	4898290	4898297	-524	-517
	AtREG592	`GGGTCAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
REG	`ATAAACCGG`		+	4898481	4898489	-333	-325
	AtREG598	`ATAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AACCGGGTT`		+	4898502	4898510	-312	-304
	AtREG455	`AACCGGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG516	`ACCGGGTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTAAACCGA`		+	4898514	4898522	-300	-292
	AtREG519	`GTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AGCCCATA`		+	4898627	4898634	-187	-180
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None