PlantPromoterDB promoter information of AT5G15350

Summary of Gene (AT5G15350)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G15350 TAIR NCBI
Gene model	AT5G15350
Description	plastocyanin-like domain-containing protein; FUNCTIONS IN: electron carrier activity, copper ion binding; LOCATED IN: anchored to plasma membrane, plasma membrane, vacuole, anchored to membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Plastocyanin-like (InterPro:IPR003245), Cupredoxin (InterPro:IPR008972); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plastocyanin-like domain-containing protein (TAIR:AT4G12880.1); Has 768 Blast hits to 760 proteins in 47 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 768; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 4987154-4985955)

`Genome position from initiation codon` `AT5G15350.1 TSS from cDNA TSS information AT5G15350 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G15350

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 74 - 4986218 -64

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	74	-	4986218	-64

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 4986238 -84

TSS clone A clone - 4986218 -64

TSS clone C clone - 4986217 -63

TSS clone A clone - 4986216 -62

TSS clone A clone - 4986215 -61

TSS clone G clone - 4986211 -57

TSS clone T clone - 4986192 -38

TSS clone G clone - 4986169 -15

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	4986238	-84
TSS clone	`A`	clone	-	4986218	-64
TSS clone	`C`	clone	-	4986217	-63
TSS clone	`A`	clone	-	4986216	-62
TSS clone	`A`	clone	-	4986215	-61
TSS clone	`G`	clone	-	4986211	-57
TSS clone	`T`	clone	-	4986192	-38
TSS clone	`G`	clone	-	4986169	-15

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CATCTCTC - 4986225 4986232 -71 -78

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CATCTCTC`	-	4986225	4986232	-71	-78
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAATGGGCTATT - 4986267 4986278 -113 -124

AtREG386 AAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581   ATGGGCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG584     GGGCTATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAACGCGGTTAAA - 4986370 4986383 -216 -229

AtREG566 AAAACGCG       PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG441    ACGCGGTT    Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG645       CGGTTAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAATGGGCTATT`		-	4986267	4986278	-113	-124
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG581	`ATGGGCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG584	`GGGCTATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAACGCGGTTAAA`		-	4986370	4986383	-216	-229
	AtREG566	`AAAACGCG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG441	`ACGCGGTT`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG645	`CGGTTAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None