PlantPromoterDB promoter information of AT5G15948.1

Summary of Gene (AT5G15948.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G15948 TAIR NCBI
Gene model	AT5G15948.1
Description	Upstream open reading frames (uORFs) are small open reading frames found in the 5' UTR of a mature mRNA, and can potentially mediate translational regulation of the largest, or major, ORF (mORF). CPuORF10 represents a conserved upstream opening reading frame relative to major ORF AT5G15950.1

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 5209782-5210981)

`Genome position from initiation codon` `AT5G15960.1 TSS from cDNA TSS information AT5G15948.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G15948.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 5205874 -558

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	5205874	-558

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 5206156 -276

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	5206156	-276

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CACTATATAAACA + 5205835 5205847 -597 -585

Y Patch CCTTCTTCTCT + 5205858 5205868 -574 -564

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CACTATATAAACA`	+	5205835	5205847	-597	-585
Y Patch	`CCTTCTTCTCT`	+	5205858	5205868	-574	-564
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGTGGCT + 5205583 5205590 -849 -842

AtREG450 ACGTGGCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

REG ATCCACGTGTCAC + 5205601 5205613 -831 -819

AtREG547 ATCCACGT      ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG408 TCCACGTG     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG382   CCACGTGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG366    CACGTGTC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG389     ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG498      CGTGTCAC ABA PPDB Motif PLACE Motif

REG AGGGGTAA + 5205744 5205751 -688 -681

AtREG642 AGGGGTAA PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGTGGCT`		+	5205583	5205590	-849	-842
	AtREG450	`ACGTGGCT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
REG	`ATCCACGTGTCAC`		+	5205601	5205613	-831	-819
	AtREG547	`ATCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG408	`TCCACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG382	`CCACGTGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG366	`CACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG389	`ACGTGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG498	`CGTGTCAC`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGGGGTAA`		+	5205744	5205751	-688	-681
	AtREG642	`AGGGGTAA`		PPDB Motif	`ACCCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 31 + 5209932 AT5G15960.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	31	+	5209932	AT5G15960.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 5209932 AT5G15960.1

TSS clone T clone + 5209933 AT5G15960.1

TSS clone T clone + 5209936 AT5G15960.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	5209932	AT5G15960.1
TSS clone	`T`	clone	+	5209933	AT5G15960.1
TSS clone	`T`	clone	+	5209936	AT5G15960.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GCCTATAAATATAAACC + 5209894 5209910 AT5G15960.1

Y Patch TCTCTTCTC + 5209923 5209931 AT5G15960.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GCCTATAAATATAAACC`	+	5209894	5209910	AT5G15960.1
Y Patch	`TCTCTTCTC`	+	5209923	5209931	AT5G15960.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAACGACACGTGA + 5209775 5209787 AT5G15960.1

AtREG569 AAACGACA      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG527 AACGACAC     DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG428   ACGACACG    ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG478    CGACACGT   ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG366     GACACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG628      ACACGTGA DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG ATCCACGTGGT + 5209851 5209861 AT5G15960.1

AtREG547 ATCCACGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG408 TCCACGTG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG544    CACGTGGT ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CGTGGCAC + 5209873 5209880 AT5G15960.1

AtREG444 CGTGGCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC