PlantPromoterDB promoter information of AT5G16940.1

Summary of Gene (AT5G16940.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G16940 TAIR NCBI
Gene model	AT5G16940.1
Description	carbon-sulfur lyase; FUNCTIONS IN: carbon-sulfur lyase activity; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA (InterPro:IPR006913); Has 1933 Blast hits to 1931 proteins in 352 species: Archae - 0; Bacteria - 664; Metazoa - 60; Fungi - 38; Plants - 18; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1153 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 5573204-5572005)

`Genome position from initiation codon` `AT5G16940.2 TSS from cDNA TSS information AT5G16940.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G16950.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G16940.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 5572410 -206

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	5572410	-206

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 5572369 -165

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	5572369	-165

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAGCCCACTA - 5572459 5572469 -255 -265

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518 AAGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG510   AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG532    GCCCACTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATATTGGGCCCAATAA - 5572479 5572494 -275 -290

AtREG509 ATATTGGG         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422     TGGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392    TTGGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355 TATTGGGCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417         CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAGCCCACTA`		-	5572459	5572469	-255	-265
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG510	`AGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG532	`GCCCACTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATATTGGGCCCAATAA`		-	5572479	5572494	-275	-290
	AtREG509	`ATATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`TTGGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`TATTGGGCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone + 5572547 AT5G16950.1

TSS clone peak T clone + 5572548 AT5G16950.1

TSS clone A clone + 5572576 AT5G16950.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	+	5572547	AT5G16950.1
TSS clone peak	`T`	clone	+	5572548	AT5G16950.1
TSS clone	`A`	clone	+	5572576	AT5G16950.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAGTGGGCTTA + 5572459 5572469 AT5G16950.1

AtREG532 TAGTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG510 AGTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518   GTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TTATTGGGCCCAATAT + 5572479 5572494 AT5G16950.1

AtREG417 TTATTGGG         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422     TGGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392    TTGGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355 TATTGGGCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509         CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif