PlantPromoterDB promoter information of AT5G17520.1

Summary of Gene (AT5G17520.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G17520 TAIR NCBI
Gene model	AT5G17520.1
Description	Encodes a maltose transporter that is expressed in leaves and roots. Mutations at the MEX1 locus cause accumulation of both starch and maltose in leaves, with maltose levels at least 40 times higher than that of wild-type. This gene encodes a protein located in the chloroplast envelope.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 5776231-5775032)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G17520.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G17520.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 5775293 -62

TSS clone peak T clone - 5775270 -39

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	5775293	-62
TSS clone peak	`T`	clone	-	5775270	-39

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTTCTTCTTCCTCCTCTCT - 5775272 5775291 -41 -60

Y Patch TCTCTTTC - 5775335 5775342 -104 -111

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTTCTTCTTCCTCCTCTCT`	-	5775272	5775291	-41	-60
Y Patch	`TCTCTTTC`	-	5775335	5775342	-104	-111
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCGGCCCAAG - 5775325 5775335 -94 -104

AtREG404 CCCGGCCC    CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG457 CCGGCCCA   CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414   CGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG505    GGCCCAAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GTCCACGTG - 5775345 5775353 -114 -122

AtREG513 GTCCACGT ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG408 TCCACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG CTATTGGG - 5775511 5775518 -280 -287

AtREG624 CTATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAATGGGCTTA - 5775550 5775561 -319 -330

AtREG546 ATAATGGG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426     TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCGGCCCAAG`		-	5775325	5775335	-94	-104
	AtREG404	`CCCGGCCC`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG457	`CCGGCCCA`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG505	`GGCCCAAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`GTCCACGTG`		-	5775345	5775353	-114	-122
	AtREG513	`GTCCACGT`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG408	`TCCACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
REG	`CTATTGGG`		-	5775511	5775518	-280	-287
	AtREG624	`CTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATAATGGGCTTA`		-	5775550	5775561	-319	-330
	AtREG546	`ATAATGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None