PlantPromoterDB promoter information of AT5G17610.1

Summary of Gene (AT5G17610.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G17610 TAIR NCBI
Gene model	AT5G17610.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; Has 44 Blast hits to 44 proteins in 19 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 23; Fungi - 0; Plants - 21; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 5803011-5804210)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G17610.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G17610.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 5803976 -35

TSS peak G 13 + 5803979 -32

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	5803976	-35
TSS peak	`G`	13	+	5803979	-32

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 5803937 -74

TSS clone A clone + 5803953 -58

TSS clone G clone + 5803955 -56

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	5803937	-74
TSS clone	`A`	clone	+	5803953	-58
TSS clone	`G`	clone	+	5803955	-56

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCTT + 5803937 5803944 -74 -67

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCTT`	+	5803937	5803944	-74	-67
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCATATA + 5803732 5803739 -279 -272

AtREG620 CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATAGGCCCATGTAAGCCCATAA + 5803849 5803871 -162 -140

AtREG487 TATAGGCC                PPDB Motif PLACE Motif

AtREG362 ATAGGCCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504     GGCCCATG            PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG426             TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378              AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477               AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG394                GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GACCGGTTCGGTT + 5803887 5803899 -124 -112

AtREG552 GACCGGTT      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528 ACCGGTTC     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423   CCGGTTCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG456    CGGTTCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451     GGTTCGGT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG556      GTTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCATATA`		+	5803732	5803739	-279	-272
	AtREG620	`CCCATATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TATAGGCCCATGTAAGCCCATAA`		+	5803849	5803871	-162	-140
	AtREG487	`TATAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG362	`ATAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG504	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GACCGGTTCGGTT`		+	5803887	5803899	-124	-112
	AtREG552	`GACCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG528	`ACCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CCGGTTCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG456	`CGGTTCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`GGTTCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG556	`GTTCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None