PlantPromoterDB promoter information of AT5G18120.1

Summary of Gene (AT5G18120.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G18120 TAIR NCBI
Gene model	AT5G18120.1
Description	Encodes a protein disulfide isomerase-like (PDIL) protein, a member of a multigene family within the thioredoxin (TRX) superfamily. This protein also belongs to the adenosine 5'-phosphosulfate reductase-like (APRL) group.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 5990385-5991584)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G18120.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G18110.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G18120.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 5991056 -329

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	5991056	-329

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 5991057 -328

TSS clone A clone + 5991098 -287

TSS clone A clone + 5991099 -286

TSS clone T clone + 5991140 -245

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	5991057	-328
TSS clone	`A`	clone	+	5991098	-287
TSS clone	`A`	clone	+	5991099	-286
TSS clone	`T`	clone	+	5991140	-245

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAATGGGCCTTAG + 5990763 5990776 -622 -609

AtREG443 TAAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351      GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG577       GGCCTTAG PPDB Motif PLACE Motif

REG AACCGGAA + 5990904 5990911 -481 -474

AtREG534 AACCGGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAATGGGCCTTAG`		+	5990763	5990776	-622	-609
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG577	`GGCCTTAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AACCGGAA`		+	5990904	5990911	-481	-474
	AtREG534	`AACCGGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 26 - 5990681 AT5G18110.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	26	-	5990681	AT5G18110.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 5990681 AT5G18110.1

TSS clone G clone - 5990680 AT5G18110.1

TSS clone T clone - 5990676 AT5G18110.1

TSS clone T clone - 5990660 AT5G18110.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	5990681	AT5G18110.1
TSS clone	`G`	clone	-	5990680	AT5G18110.1
TSS clone	`T`	clone	-	5990676	AT5G18110.1
TSS clone	`T`	clone	-	5990660	AT5G18110.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCTCTCCTCCTCTTTCTTCTTCCT - 5990647 5990675 AT5G18110.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCTCTCCTCCTCTTTCTTCTTCCT`	-	5990647	5990675	AT5G18110.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCCAATAAGGCCCATAT - 5990741 5990757 AT5G18110.1

AtREG417 CCCAATAA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611 CCAATAAG         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG425     ATAAGGCC      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG351      TAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353       AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354        AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364         GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432          GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTAAGGCCCATTTA - 5990763 5990776 AT5G18110.1

AtREG577 CTAAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351 TAAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386      GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443       CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTCCGGTT - 5990904 5990911 AT5G18110.1

AtREG534 TTCCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif