PlantPromoterDB promoter information of AT5G18400.3

Summary of Gene (AT5G18400.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G18400 TAIR NCBI
Gene model	AT5G18400.3
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF689 (InterPro:IPR007785); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G18362.1); Has 310 Blast hits to 309 proteins in 151 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 121; Fungi - 101; Plants - 35; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 53 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 6095876-6094677)

`Genome position from initiation codon` `AT5G18400.1 AT5G18400.2 TSS from cDNA TSS information AT5G18400.3 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G18403.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G18400.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 18 - 6094987 -111

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	18	-	6094987	-111

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 6094994 -118

TSS clone A clone - 6094987 -111

TSS clone G clone - 6094986 -110

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	6094994	-118
TSS clone	`A`	clone	-	6094987	-111
TSS clone	`G`	clone	-	6094986	-110

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GATATAAAAA - 6095011 6095020 -135 -144

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GATATAAAAA`	-	6095011	6095020	-135	-144
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCAAACCGCGTTA - 6095058 6095070 -182 -194

AtREG550 CCAAACCG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG441    AACCGCGT   Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG488      CCGCGTTA SA PPDB Motif PLACE Motif

REG AACCCGGTTTG - 6095072 6095082 -196 -206

AtREG516 AACCCGGT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG455 ACCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496    CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TAAATGGGCCGTA - 6095173 6095185 -297 -309

AtREG443 TAAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380    ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368     TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG499      GGGCCGTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG CTAAGCCC - 6095193 6095200 -317 -324

AtREG634 CTAAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAATGGGC - 6095202 6095209 -326 -333

AtREG386 AAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCAAACCGCGTTA`		-	6095058	6095070	-182	-194
	AtREG550	`CCAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG441	`AACCGCGT`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG488	`CCGCGTTA`	SA	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AACCCGGTTTG`		-	6095072	6095082	-196	-206
	AtREG516	`AACCCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG455	`ACCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG496	`CCGGTTTG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TAAATGGGCCGTA`		-	6095173	6095185	-297	-309
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG368	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG499	`GGGCCGTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`CTAAGCCC`		-	6095193	6095200	-317	-324
	AtREG634	`CTAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAATGGGC`		-	6095202	6095209	-326	-333
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None