PlantPromoterDB promoter information of AT5G18630.1

Summary of Gene (AT5G18630.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G18630 TAIR NCBI
Gene model	AT5G18630.1
Description	lipase class 3 family protein; FUNCTIONS IN: triacylglycerol lipase activity; INVOLVED IN: lipid metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lipase, class 3 (InterPro:IPR002921); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lipase class 3 family protein (TAIR:AT5G18640.1); Has 1391 Blast hits to 1388 proteins in 240 species: Archae - 0; Bacteria - 253; Metazoa - 123; Fungi - 335; Plants - 341; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 330 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 6201965-6203164)

`Genome position from initiation codon` `AT5G18630.2 AT5G18630.3 TSS from cDNA TSS information AT5G18630.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G18620.1 AT5G18620.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G18630.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 6202612 -353

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	6202612	-353

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 6202641 -324

TSS clone T clone + 6202654 -311

TSS clone G clone + 6202680 -285

TSS clone G clone + 6202681 -284

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	6202641	-324
TSS clone	`T`	clone	+	6202654	-311
TSS clone	`G`	clone	+	6202680	-285
TSS clone	`G`	clone	+	6202681	-284

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCT + 6202601 6202608 -364 -357

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCT`	+	6202601	6202608	-364	-357
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGCTTTAAAGGCCCATGGGC + 6202319 6202339 -646 -626

AtREG365 GGGCTTTA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545 GGCTTTAA             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG639      TTAAAGGC         PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG467       TAAAGGCC        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359        AAAGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353         AAGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354          AGGCCCAT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504           GGCCCATG    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG591             CCCATGGG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG507            GCCCATGGGC PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

REG AAAGTCAA + 6202365 6202372 -600 -593

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG GGCCTTAT + 6202404 6202411 -561 -554

AtREG425 GGCCTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AATACCCTT + 6202489 6202497 -476 -468

AtREG567 AATACCCT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

AtREG623 ATACCCTT PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGCTTTAAAGGCCCATGGGC`		+	6202319	6202339	-646	-626
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG639	`TTAAAGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG504	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG591	`CCCATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG507	`GCCCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
REG	`AAAGTCAA`		+	6202365	6202372	-600	-593
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`GGCCTTAT`		+	6202404	6202411	-561	-554
	AtREG425	`GGCCTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AATACCCTT`		+	6202489	6202497	-476	-468
	AtREG567	`AATACCCT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
	AtREG623	`ATACCCTT`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak T clone - 6202166 AT5G18620.1, AT5G18620.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	6202166	AT5G18620.1, AT5G18620.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ACGTGGCAC - 6202240 6202248 AT5G18620.1, AT5G18620.2

AtREG379 ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG444 CGTGGCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG GCCCATGGGCCTTTAAAGCCC - 6202319 6202339 AT5G18620.1, AT5G18620.2

AtREG591 CCCATGGG             PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG507 GCCCATGGGC            PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG504    CATGGGCC           PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354     ATGGGCCT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353      TGGGCCTT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359       GGGCCTTT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467        GGCCTTTA       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG639         GCCTTTAA      PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG545             TTAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365              TAAAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTGACTTT - 6202365 6202372 AT5G18620.1, AT5G18620.2

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG ATAAGGCC - 6202404 6202411 AT5G18620.1, AT5G18620.2

AtREG425 ATAAGGCC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif