PlantPromoterDB promoter information of AT5G18760.1

Summary of Gene (AT5G18760.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G18760 TAIR NCBI
Gene model	AT5G18760.1
Description	zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein; FUNCTIONS IN: protein binding, zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type (InterPro:IPR013083), Zinc finger, RING-CH-type (InterPro:IPR011016); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT3G06330.1); Has 907 Blast hits to 907 proteins in 118 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 439; Fungi - 68; Plants - 331; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 65 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 6261828-6260629)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G18760.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G18770.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G18760.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 6260913 -85

TSS clone peak G clone - 6260880 -52

TSS clone T clone - 6260879 -51

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	6260913	-85
TSS clone peak	`G`	clone	-	6260880	-52
TSS clone	`T`	clone	-	6260879	-51

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTCTCCC - 6260897 6260906 -69 -78

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTCTCCC`	-	6260897	6260906	-69	-78
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAACGACA - 6260935 6260943 -107 -115

AtREG565 TAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAATGGG - 6261104 6261111 -276 -283

AtREG443 TAAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTTCGGTTTAG - 6261123 6261133 -295 -305

AtREG556 GTTCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568 TTCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514   TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511    CGGTTTAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAACGACA`		-	6260935	6260943	-107	-115
	AtREG565	`TAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAATGGG`		-	6261104	6261111	-276	-283
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTTCGGTTTAG`		-	6261123	6261133	-295	-305
	AtREG556	`GTTCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG511	`CGGTTTAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 + 6261367 AT5G18770.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	+	6261367	AT5G18770.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 6261371 AT5G18770.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	6261371	AT5G18770.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCCATTTA + 6261104 6261111 AT5G18770.1

AtREG443 CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTAAACCGAAC + 6261123 6261133 AT5G18770.1

AtREG511 CTAAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556    AACCGAAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CAATTGGGC + 6261232 6261240 AT5G18770.1

AtREG647 CAATTGGG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG418 AATTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAGCCCATTAT + 6261263 6261273 AT5G18770.1

AtREG581 TAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372 AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357   GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG546    CCCATTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TTTTGGGCTAA + 6261279 6261289 AT5G18770.1

AtREG529 TTTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG571    TGGGCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY