PlantPromoterDB promoter information of AT5G18770.1

Summary of Gene (AT5G18770.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G18770 TAIR NCBI
Gene model	AT5G18770.1
Description	F-box family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FBD (InterPro:IPR013596), Cyclin-like F-box (InterPro:IPR001810), FBD-like (InterPro:IPR006566), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box family protein (TAIR:AT5G18780.1); Has 1198 Blast hits to 1165 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1198; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 6260426-6261625)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G18770.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G18760.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G18770.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 6261367 -59

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	6261367	-59

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 6261371 -55

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	6261371	-55

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCATTTA + 6261104 6261111 -322 -315

AtREG443 CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTAAACCGAAC + 6261123 6261133 -303 -293

AtREG511 CTAAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556    AACCGAAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CAATTGGGC + 6261232 6261240 -194 -186

AtREG647 CAATTGGG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG418 AATTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAGCCCATTAT + 6261263 6261273 -163 -153

AtREG581 TAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372 AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357   GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG546    CCCATTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TTTTGGGCTAA + 6261279 6261289 -147 -137

AtREG529 TTTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG571    TGGGCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCATTTA`		+	6261104	6261111	-322	-315
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTAAACCGAAC`		+	6261123	6261133	-303	-293
	AtREG511	`CTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CAATTGGGC`		+	6261232	6261240	-194	-186
	AtREG647	`CAATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAGCCCATTAT`		+	6261263	6261273	-163	-153
	AtREG581	`TAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG546	`CCCATTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTTTGGGCTAA`		+	6261279	6261289	-147	-137
	AtREG529	`TTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG571	`TGGGCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 6260913 AT5G18760.1

TSS clone peak G clone - 6260880 AT5G18760.1

TSS clone T clone - 6260879 AT5G18760.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	6260913	AT5G18760.1
TSS clone peak	`G`	clone	-	6260880	AT5G18760.1
TSS clone	`T`	clone	-	6260879	AT5G18760.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTCTCCC - 6260897 6260906 AT5G18760.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTCTCCC`	-	6260897	6260906	AT5G18760.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAACGACA - 6260935 6260943 AT5G18760.1

AtREG565 TAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAATGGG - 6261104 6261111 AT5G18760.1

AtREG443 TAAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTTCGGTTTAG - 6261123 6261133 AT5G18760.1

AtREG556 GTTCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568 TTCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514   TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511    CGGTTTAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif