PlantPromoterDB promoter information of AT5G19920.1

Summary of Gene (AT5G19920.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G19920 TAIR NCBI
Gene model	AT5G19920.1
Description	transducin family protein / WD-40 repeat family protein; FUNCTIONS IN: nucleotide binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: CUL4 RING ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like (InterPro:IPR011046), WD40 repeat, region (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like (InterPro:IPR015943), WD40 repeat (InterPro:IPR001680); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: WD-40 repeat family protein (TAIR:AT5G50970.1); Has 820 Blast hits to 752 proteins in 164 species: Archae - 4; Bacteria - 193; Metazoa - 265; Fungi - 128; Plants - 83; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 147 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 6733466-6732267)

`Genome position from initiation codon` `AT5G19910.1 TSS from cDNA TSS information AT5G19920.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G19920.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 - 6737382 -116

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	-	6737382	-116

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 6737373 -107

TSS clone A clone - 6737372 -106

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	6737373	-107
TSS clone	`A`	clone	-	6737372	-106

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 2 - 6732893 AT5G19910.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	2	-	6732893	AT5G19910.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 6732892 AT5G19910.1

TSS clone T clone - 6732886 AT5G19910.1

TSS clone T clone - 6732863 AT5G19910.1

TSS clone A clone - 6732860 AT5G19910.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	6732892	AT5G19910.1
TSS clone	`T`	clone	-	6732886	AT5G19910.1
TSS clone	`T`	clone	-	6732863	AT5G19910.1
TSS clone	`A`	clone	-	6732860	AT5G19910.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GAACCGGTTTAGGCC - 6732933 6732947 AT5G19910.1

AtREG528 GAACCGGT        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436   ACCGGTTT      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412    CCGGTTTA     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511     CGGTTTAG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG430        TTTAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TTAAACCGT - 6732991 6732999 AT5G19910.1

AtREG473 TTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG652 TAAACCGT PPDB Motif PLACE Motif

REG GTTTGGGC - 6733081 6733088 AT5G19910.1

AtREG474 GTTTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif