version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G19920.1

Summary of Gene (AT5G19920.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G19920  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G19920.1  
Description transducin family protein / WD-40 repeat family protein; FUNCTIONS IN: nucleotide binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: CUL4 RING ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like (InterPro:IPR011046), WD40 repeat, region (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like (InterPro:IPR015943), WD40 repeat (InterPro:IPR001680); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: WD-40 repeat family protein (TAIR:AT5G50970.1); Has 820 Blast hits to 752 proteins in 164 species: Archae - 4; Bacteria - 193; Metazoa - 265; Fungi - 128; Plants - 83; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 147 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 6733566-6732367)

Genome position     
from initiation codon
AT5G19910.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G19920.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence





 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G19920.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG13-6737382-116

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-6737373-107
TSS cloneAclone-6737372-106

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA2-6732893AT5G19910.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-6732892AT5G19910.1
TSS cloneTclone-6732886AT5G19910.1
TSS cloneTclone-6732863AT5G19910.1
TSS cloneAclone-6732860AT5G19910.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGAACCGGTTTAGGCC-67329336732947AT5G19910.1
 AtREG528GAACCGGT        PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436  ACCGGTTT      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412   CCGGTTTA     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG511    CGGTTTAG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG430       TTTAGGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTAAACCGT-67329916732999AT5G19910.1
 AtREG473TTAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG652 TAAACCGT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGTTTGGGC-67330816733088AT5G19910.1
 AtREG474GTTTGGGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.