PlantPromoterDB promoter information of AT5G19940.1

Summary of Gene (AT5G19940.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G19940 TAIR NCBI
Gene model	AT5G19940.1
Description	plastid-lipid associated protein PAP-related / fibrillin-related; FUNCTIONS IN: structural molecule activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PAP fibrillin (InterPro:IPR006843); Has 80 Blast hits to 80 proteins in 23 species: Archae - 0; Bacteria - 19; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 60; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 6738693-6739892)

`Genome position from initiation codon` `AT5G19940.2 TSS from cDNA TSS information AT5G19940.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G19930.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G19940.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 17 + 6739689 -4

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	17	+	6739689	-4

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 6739634 -59

TSS clone T clone + 6739645 -48

TSS clone C clone + 6739649 -44

TSS clone T clone + 6739651 -42

TSS clone C clone + 6739654 -39

TSS clone T clone + 6739655 -38

TSS clone T clone + 6739657 -36

TSS clone A clone + 6739661 -32

TSS clone A clone + 6739684 -9

TSS clone A clone + 6739690 -3

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	6739634	-59
TSS clone	`T`	clone	+	6739645	-48
TSS clone	`C`	clone	+	6739649	-44
TSS clone	`T`	clone	+	6739651	-42
TSS clone	`C`	clone	+	6739654	-39
TSS clone	`T`	clone	+	6739655	-38
TSS clone	`T`	clone	+	6739657	-36
TSS clone	`A`	clone	+	6739661	-32
TSS clone	`A`	clone	+	6739684	-9
TSS clone	`A`	clone	+	6739690	-3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTCTCCC + 6739640 6739650 -53 -43

Y Patch CTTCTCTCTCTT + 6739663 6739674 -30 -19

Y Patch CTCTCTCC + 6739676 6739683 -17 -10

Y Patch CTTCTTCTCTT + 6739706 6739716 13 23

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTCTCCC`	+	6739640	6739650	-53	-43
Y Patch	`CTTCTCTCTCTT`	+	6739663	6739674	-30	-19
Y Patch	`CTCTCTCC`	+	6739676	6739683	-17	-10
Y Patch	`CTTCTTCTCTT`	+	6739706	6739716	13	23
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CATGGGCCTCAAATGGGCTGACCCAATAG + 6739430 6739458 -263 -235

AtREG504 CATGGGCC                      PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354 ATGGGCCT                     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG447   TGGGCCTC                    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG587    GGGCCTCA                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG386           AAATGGGC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372            AATGGGCT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG609              TGGGCTGA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG624                      CCCAATAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGGGCCAT + 6739502 6739509 -191 -184

AtREG437 TGGGCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TAACGCGG + 6739541 6739548 -152 -145

AtREG488 TAACGCGG SA PPDB Motif PLACE Motif

REG TATGGGCCC + 6739574 6739582 -119 -111

AtREG364 TATGGGCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391 ATGGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG ATGACGTGGCAC + 6739600 6739611 -93 -82

AtREG483 ATGACGTG     PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG419 TGACGTGG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG388   GACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG379    ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG444     CGTGGCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CATGGGCCTCAAATGGGCTGACCCAATAG`		+	6739430	6739458	-263	-235
	AtREG504	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG447	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG587	`GGGCCTCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG609	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG624	`CCCAATAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGGGCCAT`		+	6739502	6739509	-191	-184
	AtREG437	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TAACGCGG`		+	6739541	6739548	-152	-145
	AtREG488	`TAACGCGG`	SA	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TATGGGCCC`		+	6739574	6739582	-119	-111
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`ATGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`ATGACGTGGCAC`		+	6739600	6739611	-93	-82
	AtREG483	`ATGACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG419	`TGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG388	`GACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG444	`CGTGGCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 6739348 AT5G19930.1

TSS clone peak A clone - 6739347 AT5G19930.1

TSS clone C clone - 6739292 AT5G19930.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	6739348	AT5G19930.1
TSS clone peak	`A`	clone	-	6739347	AT5G19930.1
TSS clone	`C`	clone	-	6739292	AT5G19930.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCCTCTCC - 6739336 6739343 AT5G19930.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCCTCTCC`	-	6739336	6739343	AT5G19930.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CTATTGGGTCAGCCCATTTGAGGCCCATG - 6739430 6739458 AT5G19930.1

AtREG624 CTATTGGG                      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG609         TCAGCCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372           AGCCCATT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386            GCCCATTT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG587                   TGAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG447                    GAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354                     AGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504                      GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG ATGGCCCA - 6739502 6739509 AT5G19930.1

AtREG437 ATGGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG CCGCGTTA - 6739541 6739548 AT5G19930.1

AtREG488 CCGCGTTA SA PPDB Motif PLACE Motif

REG GGGCCCATA - 6739574 6739582 AT5G19930.1

AtREG391 GGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364 GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GTGCCACGTCAT - 6739600 6739611 AT5G19930.1

AtREG444 GTGCCACG     PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG379 TGCCACGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG388   GCCACGTC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG419    CCACGTCA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG483     CACGTCAT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG