PlantPromoterDB promoter information of AT5G19950.2

Summary of Gene (AT5G19950.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G19950 TAIR NCBI
Gene model	AT5G19950.2
Description	unknown protein; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Region of unknown function DUF1767 (InterPro:IPR013894); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G63540.2); Has 462 Blast hits to 405 proteins in 107 species: Archae - 0; Bacteria - 22; Metazoa - 231; Fungi - 48; Plants - 71; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 87 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 6733602-6732403)

`Genome position from initiation codon` `AT5G19910.1 AT5G19920.1 TSS from cDNA TSS information AT5G19950.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G19950.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 6743773 -71

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	6743773	-71

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCC - 6743737 6743744 -35 -42

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCC`	-	6743737	6743744	-35	-42
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCAAAACG - 6743832 6743839 -130 -137

AtREG653 TCAAAACG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AAACCGGAAA - 6743910 6743919 -208 -217

AtREG521 AAACCGGA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534 AACCGGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG644   ACCGGAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ATATGGGCCATTAGGCCCACTA - 6743925 6743946 -223 -244

AtREG432 ATATGGGC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490   ATGGGCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG437    TGGGCCAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG506          ATTAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360           TTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358            TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG482             AGGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG532               GCCCACTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCAAAACG`		-	6743832	6743839	-130	-137
	AtREG653	`TCAAAACG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AAACCGGAAA`		-	6743910	6743919	-208	-217
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG534	`AACCGGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG644	`ACCGGAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`ATATGGGCCATTAGGCCCACTA`		-	6743925	6743946	-223	-244
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG437	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG506	`ATTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG482	`AGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG532	`GCCCACTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 2 - 6732893 AT5G19910.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	2	-	6732893	AT5G19910.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 6732892 AT5G19910.1

TSS clone T clone - 6732886 AT5G19910.1

TSS clone T clone - 6732863 AT5G19910.1

TSS clone A clone - 6732860 AT5G19910.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	6732892	AT5G19910.1
TSS clone	`T`	clone	-	6732886	AT5G19910.1
TSS clone	`T`	clone	-	6732863	AT5G19910.1
TSS clone	`A`	clone	-	6732860	AT5G19910.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GAACCGGTTTAGGCC - 6732933 6732947 AT5G19910.1

AtREG528 GAACCGGT        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436   ACCGGTTT      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412    CCGGTTTA     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511     CGGTTTAG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG430        TTTAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TTAAACCGT - 6732991 6732999 AT5G19910.1

AtREG473 TTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG652 TAAACCGT PPDB Motif PLACE Motif

REG GTTTGGGC - 6733081 6733088 AT5G19910.1

AtREG474 GTTTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif