PlantPromoterDB promoter information of AT5G20090.3

Summary of Gene (AT5G20090.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G20090 TAIR NCBI
Gene model	AT5G20090.3
Description	unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion, plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised protein family UPF0041 (InterPro:IPR005336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G22310.1); Has 657 Blast hits to 656 proteins in 149 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 314; Fungi - 175; Plants - 98; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 70 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 6789000-6787801)

`Genome position from initiation codon` `AT5G20090.1 AT5G20090.2 TSS from cDNA TSS information AT5G20090.3 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G20090.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 10 - 6788596 -596

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	10	-	6788596	-596

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 6788654 -654

TSS clone T clone - 6788613 -613

TSS clone T clone - 6788603 -603

TSS clone A clone - 6788596 -596

TSS clone G clone - 6788578 -578

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	6788654	-654
TSS clone	`T`	clone	-	6788613	-613
TSS clone	`T`	clone	-	6788603	-603
TSS clone	`A`	clone	-	6788596	-596
TSS clone	`G`	clone	-	6788578	-578

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCCTCTC - 6788552 6788559 -552 -559

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCCTCTC`	-	6788552	6788559	-552	-559
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GAAGCCCAAACCCATTTA - 6788644 6788661 -644 -661

AtREG476 GAAGCCCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469   AGCCCAAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG474    GCCCAAAC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443           CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AACCGAACCGA - 6788707 6788717 -707 -717

AtREG556 AACCGAAC    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451 ACCGAACC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG456   CCGAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG575    CGAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TCCGGTTTGG - 6788720 6788729 -720 -729

AtREG521 TCCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496 CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG550   CGGTTTGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTGACTTT - 6788876 6788883 -876 -883

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GAAGCCCAAACCCATTTA`		-	6788644	6788661	-644	-661
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG474	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AACCGAACCGA`		-	6788707	6788717	-707	-717
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG575	`CGAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TCCGGTTTGG`		-	6788720	6788729	-720	-729
	AtREG521	`TCCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG496	`CCGGTTTG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG550	`CGGTTTGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTGACTTT`		-	6788876	6788883	-876	-883
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None