PlantPromoterDB promoter information of AT5G20500.1

Summary of Gene (AT5G20500.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G20500 TAIR NCBI
Gene model	AT5G20500.1
Description	glutaredoxin, putative; FUNCTIONS IN: electron carrier activity, arsenate reductase (glutaredoxin) activity, protein disulfide oxidoreductase activity; INVOLVED IN: cell redox homeostasis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glutaredoxin (InterPro:IPR002109), Glutaredoxin active site (InterPro:IPR011767), Glutaredoxin, eukaryotic and viruses (InterPro:IPR011899), Glutaredoxin subgroup (InterPro:IPR014025), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glutaredoxin, putative (TAIR:AT1G77370.1); Has 4164 Blast hits to 4161 proteins in 811 species: Archae - 10; Bacteria - 1751; Metazoa - 378; Fungi - 232; Plants - 403; Viruses - 108; Other Eukaryotes - 1282 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 6937652-6938851)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G20500.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G20500.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 6938600 -52

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	6938600	-52

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 6938599 -53

TSS clone T clone + 6938605 -47

TSS clone A clone + 6938614 -38

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	6938599	-53
TSS clone	`T`	clone	+	6938605	-47
TSS clone	`A`	clone	+	6938614	-38

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GAAGCCCAGTA + 6938424 6938434 -228 -218

AtREG476 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG434    GCCCAGTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTTGGGCTGA + 6938480 6938489 -172 -163

AtREG574 GTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG609   TGGGCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TTTTGGGCTTTAA + 6938504 6938516 -148 -136

AtREG529 TTTTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545      GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG AGATGGGCCGGGTTAAACCGT + 6938531 6938551 -121 -101

AtREG572 AGATGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG403 GATGGGCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG457    TGGGCCGG           CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG404     GGGCCGGG          CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG473             TTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG652              TAAACCGT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GAAGCCCAGTA`		+	6938424	6938434	-228	-218
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG434	`GCCCAGTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTTGGGCTGA`		+	6938480	6938489	-172	-163
	AtREG574	`GTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG609	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TTTTGGGCTTTAA`		+	6938504	6938516	-148	-136
	AtREG529	`TTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGATGGGCCGGGTTAAACCGT`		+	6938531	6938551	-121	-101
	AtREG572	`AGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG403	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG457	`TGGGCCGG`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG404	`GGGCCGGG`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG652	`TAAACCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None