PlantPromoterDB promoter information of AT5G20570.3

Summary of Gene (AT5G20570.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G20570 TAIR NCBI
Gene model	AT5G20570.3
Description	Encodes a ring-box 1 like protein and component of the SCF ubiquitinization complex mediating auxin responses. Forms a E3 ubiquitin ligase complex with CUL3A and At1g21780.1 a BTB domain protein.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 6959221-6958022)

`Genome position from initiation codon` `AT5G20570.1 AT5G20570.2 AT5G20580.1 AT5G20580.2 TSS from cDNA TSS information AT5G20570.3 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G20570.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 46 - 6958304 -83

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	46	-	6958304	-83

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 6958309 -88

TSS clone C clone - 6958308 -87

TSS clone T clone - 6958307 -86

TSS clone A clone - 6958302 -81

TSS clone A clone - 6958301 -80

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	6958309	-88
TSS clone	`C`	clone	-	6958308	-87
TSS clone	`T`	clone	-	6958307	-86
TSS clone	`A`	clone	-	6958302	-81
TSS clone	`A`	clone	-	6958301	-80

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTTATATATCT - 6958334 6958345 -113 -124

Y Patch TCTCTCTCT - 6958305 6958313 -84 -92

Y Patch TCTCTCTTCTTCTTCCTCT - 6958318 6958336 -97 -115

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTTATATATCT`	-	6958334	6958345	-113	-124
Y Patch	`TCTCTCTCT`	-	6958305	6958313	-84	-92
Y Patch	`TCTCTCTTCTTCTTCCTCT`	-	6958318	6958336	-97	-115
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAAAGCCCAAA - 6958350 6958360 -129 -139

AtREG559 CAAAGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469    AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AAAGCCCACTA - 6958367 6958377 -146 -156

AtREG376 AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518 AAGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG510   AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG532    GCCCACTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTAAACCGAA - 6958410 6958419 -189 -198

AtREG473 TTAAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAAAGCCCAAA`		-	6958350	6958360	-129	-139
	AtREG559	`CAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`AAAGCCCACTA`		-	6958367	6958377	-146	-156
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG510	`AGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG532	`GCCCACTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTAAACCGAA`		-	6958410	6958419	-189	-198
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None