PlantPromoterDB promoter information of AT5G20900.1

Summary of Gene (AT5G20900.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G20900 TAIR NCBI
Gene model	AT5G20900.1
Description	JASMONATE-ZIM-DOMAIN PROTEIN 12 (JAZ12); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tify (InterPro:IPR010399), CCT domain-like (InterPro:IPR018467); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: JAZ11 (JASMONATE-ZIM-DOMAIN PROTEIN 11) (TAIR:AT3G43440.1); Has 247 Blast hits to 242 proteins in 21 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 245; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 7089883-7091082)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G20900.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G20890.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G20900.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 87 + 7090791 -92

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	87	+	7090791	-92

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 7090704 -179

TSS clone G clone + 7090742 -141

TSS clone T clone + 7090750 -133

TSS clone G clone + 7090771 -112

TSS clone G clone + 7090789 -94

TSS clone T clone + 7090790 -93

TSS clone A clone + 7090791 -92

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	7090704	-179
TSS clone	`G`	clone	+	7090742	-141
TSS clone	`T`	clone	+	7090750	-133
TSS clone	`G`	clone	+	7090771	-112
TSS clone	`G`	clone	+	7090789	-94
TSS clone	`T`	clone	+	7090790	-93
TSS clone	`A`	clone	+	7090791	-92

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GAGCCCAATG + 7090505 7090514 -378 -369

AtREG533 GAGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402 AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG461 GCCCAATG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AACGACACC + 7090625 7090633 -258 -250

AtREG527 AACGACAC DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG599 ACGACACC PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAGTCAA + 7090694 7090701 -189 -182

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GAGCCCAATG`		+	7090505	7090514	-378	-369
	AtREG533	`GAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AACGACACC`		+	7090625	7090633	-258	-250
	AtREG527	`AACGACAC`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG599	`ACGACACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAGTCAA`		+	7090694	7090701	-189	-182
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 - 7090042 AT5G20890.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	-	7090042	AT5G20890.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 7090082 AT5G20890.1

TSS clone C clone - 7090081 AT5G20890.1

TSS clone A clone - 7090071 AT5G20890.1

TSS clone T clone - 7090070 AT5G20890.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	7090082	AT5G20890.1
TSS clone	`C`	clone	-	7090081	AT5G20890.1
TSS clone	`A`	clone	-	7090071	AT5G20890.1
TSS clone	`T`	clone	-	7090070	AT5G20890.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTTCTTC - 7090055 7090063 AT5G20890.1

Y Patch CTCTCTCCTCT - 7090073 7090083 AT5G20890.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTTCTTC`	-	7090055	7090063	AT5G20890.1
Y Patch	`CTCTCTCCTCT`	-	7090073	7090083	AT5G20890.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None