version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G20920.2

Summary of Gene (AT5G20920.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G20920  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G20920.2  
Description protein synthesis initiation factor eIF2 beta  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 7091611-7090412)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G20920.2                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT5G20900.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence



 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G20920.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA20-7097074-413

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-7097114-453
TSS cloneGclone-7097109-448
TSS cloneCclone-7097083-422
TSS cloneAclone-7097074-413
TSS cloneGclone-7097073-412
TSS cloneCclone-7097065-404

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTCTCTC-70970757097083-414-422
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA87+7090791AT5G20900.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+7090704AT5G20900.1
TSS cloneGclone+7090742AT5G20900.1
TSS cloneTclone+7090750AT5G20900.1
TSS cloneGclone+7090771AT5G20900.1
TSS cloneGclone+7090789AT5G20900.1
TSS cloneTclone+7090790AT5G20900.1
TSS cloneAclone+7090791AT5G20900.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGAGCCCAATG+70905057090514AT5G20900.1
 AtREG533GAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402 AGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG461  GCCCAATG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAACGACACC+70906257090633AT5G20900.1
 AtREG527AACGACAC DREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG599 ACGACACC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAAAGTCAA+70906947090701AT5G20900.1
 AtREG632AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.