PlantPromoterDB promoter information of AT5G20930

Summary of Gene (AT5G20930)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G20930 TAIR NCBI
Gene model	AT5G20930
Description	Nuclear serine/threonine protein kinase that requires a coiled-coil region for oligomerization and catalytic activity. Required for leaf and flower development. Expression localized to the developing style by stage 13.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 7093613-7094812)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G20930 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G20910.1 AT5G20920.1 AT5G20920.2 AT5G20920.3 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G20930

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone + 7097977 -236

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	7097977	-236

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTC + 7097930 7097937 -283 -276

Y Patch TTCCTCCTTCTCTTTCTCT + 7097994 7098012 -219 -201

Y Patch TCTTTCTCT + 7098018 7098026 -195 -187

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTC`	+	7097930	7097937	-283	-276
Y Patch	`TTCCTCCTTCTCTTTCTCT`	+	7097994	7098012	-219	-201
Y Patch	`TCTTTCTCT`	+	7098018	7098026	-195	-187
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCCTTAG + 7097721 7097728 -492 -485

AtREG577 GGCCTTAG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCCTTAG`		+	7097721	7097728	-492	-485
	AtREG577	`GGCCTTAG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 - 7094442 AT5G20910.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	-	7094442	AT5G20910.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 7094446 AT5G20910.1

TSS clone A clone - 7094445 AT5G20910.1

TSS clone A clone - 7094442 AT5G20910.1

TSS clone T clone - 7094394 AT5G20910.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	7094446	AT5G20910.1
TSS clone	`A`	clone	-	7094445	AT5G20910.1
TSS clone	`A`	clone	-	7094442	AT5G20910.1
TSS clone	`T`	clone	-	7094394	AT5G20910.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCCTCCT - 7094447 7094455 AT5G20910.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCCTCCT`	-	7094447	7094455	AT5G20910.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTGAACCGAACCAAACCGAAC - 7094485 7094505 AT5G20910.1

AtREG640 TTGAACCG              PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556    AACCGAAC  AACCGAAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451     ACCGAACC          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG655      CCGAACCA         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG550           CCAAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568             AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCAAACCGAAC - 7094536 7094546 AT5G20910.1

AtREG550 CCAAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556    AACCGAAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CGGTTTGG - 7094600 7094607 AT5G20910.1

AtREG550 CGGTTTGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif