version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G20930

Summary of Gene (AT5G20930)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G20930  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G20930  
Description Nuclear serine/threonine protein kinase that requires a coiled-coil region for oligomerization and catalytic activity. Required for leaf and flower development. Expression localized to the developing style by stage 13.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 7093863-7095062)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G20930                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT5G20910.1         
AT5G20920.1         
AT5G20920.2         
AT5G20920.3         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G20930

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakCclone+7097977-236

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTTTC+70979307097937-283-276
Y PatchTTCCTCCTTCTCTTTCTCT+70979947098012-219-201
Y PatchTCTTTCTCT+70980187098026-195-187
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGCCTTAG+70977217097728-492-485
 AtREG577GGCCTTAG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4-7094442AT5G20910.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone-7094446AT5G20910.1
TSS cloneAclone-7094445AT5G20910.1
TSS cloneAclone-7094442AT5G20910.1
TSS cloneTclone-7094394AT5G20910.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCCTCCT-70944477094455AT5G20910.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTGAACCGAACCAAACCGAAC-70944857094505AT5G20910.1
 AtREG640TTGAACCG              PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG556   AACCGAAC  AACCGAAC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG451    ACCGAACC          PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG655     CCGAACCA         PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG550          CCAAACCG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568            AAACCGAA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCCAAACCGAAC-70945367094546AT5G20910.1
 AtREG550CCAAACCG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568  AAACCGAA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG556   AACCGAAC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCGGTTTGG-70946007094607AT5G20910.1
 AtREG550CGGTTTGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.