version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G20930

Summary of Gene (AT5G20930)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G20930  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G20930  
Description Nuclear serine/threonine protein kinase that requires a coiled-coil region for oligomerization and catalytic activity. Required for leaf and flower development. Expression localized to the developing style by stage 13.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 7096063-7097262)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G20930                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT5G20920.1         
AT5G20920.2         
AT5G20920.3         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence


 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G20930

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakCclone+7097977-236

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTTTC+70979307097937-283-276
Y PatchTTCCTCCTTCTCTTTCTCT+70979947098012-219-201
Y PatchTCTTTCTCT+70980187098026-195-187
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGCCTTAG+70977217097728-492-485
 AtREG577GGCCTTAG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA20-7097074AT5G20920.1, AT5G20920.2, AT5G20920.3

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-7097114AT5G20920.1, AT5G20920.2, AT5G20920.3
TSS cloneGclone-7097109AT5G20920.1, AT5G20920.2, AT5G20920.3
TSS cloneCclone-7097083AT5G20920.1, AT5G20920.2, AT5G20920.3
TSS cloneAclone-7097074AT5G20920.1, AT5G20920.2, AT5G20920.3
TSS cloneGclone-7097073AT5G20920.1, AT5G20920.2, AT5G20920.3
TSS cloneCclone-7097065AT5G20920.1, AT5G20920.2, AT5G20920.3

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTCTCTC-70970757097083AT5G20920.1, AT5G20920.2, AT5G20920.3
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.