PlantPromoterDB promoter information of AT5G21070.1

Summary of Gene (AT5G21070.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G21070 TAIR NCBI
Gene model	AT5G21070.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 53 Blast hits to 53 proteins in 17 species: Archae - 0; Bacteria - 18; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 17; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 18 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 7155356-7156555)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G21070.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G21070.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 7156219 -137

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	7156219	-137

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 7156176 -180

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	7156176	-180

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATAATGGG + 7155944 7155951 -412 -405

AtREG546 ATAATGGG PPDB Motif PLACE Motif

REG CATTGGGCCCT + 7155959 7155969 -397 -387

AtREG461 CATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392   TTGGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG400    TGGGCCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TGGTTCGGTTCGGTTCG + 7156028 7156044 -328 -312

AtREG655 TGGTTCGG          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG451 GGTTCGGTTCGGT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG556   GTTCGGTTCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG575     TCGGTTCGGTTCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG456      CGGTTCGG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTTGACCCGTCAGA + 7156101 7156114 -255 -242

AtREG592 TTTGACCC       PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

AtREG622       CCGTCAGA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATAATGGG`		+	7155944	7155951	-412	-405
	AtREG546	`ATAATGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CATTGGGCCCT`		+	7155959	7155969	-397	-387
	AtREG461	`CATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`TTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG400	`TGGGCCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TGGTTCGGTTCGGTTCG`		+	7156028	7156044	-328	-312
	AtREG655	`TGGTTCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG451	`GGTTCGGTTCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG556	`GTTCGGTTCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG575	`TCGGTTCGGTTCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG456	`CGGTTCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTTGACCCGTCAGA`		+	7156101	7156114	-255	-242
	AtREG592	`TTTGACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
	AtREG622	`CCGTCAGA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None