PlantPromoterDB promoter information of AT5G22040.2

Summary of Gene (AT5G22040.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G22040 TAIR NCBI
Gene model	AT5G22040.2
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc knuckle (CCHC-type) family protein (TAIR:AT3G62330.1); Has 34 Blast hits to 34 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 7; Fungi - 0; Plants - 25; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 7299363-7298164)

`Genome position from initiation codon` `AT5G22040.1 TSS from cDNA TSS information AT5G22040.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G22040.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 7299029 -666

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	7299029	-666

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCTTCC - 7299011 7299021 -648 -658

Y Patch CTTCTTCTTCCTC - 7299050 7299062 -687 -699

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCTTCC`	-	7299011	7299021	-648	-658
Y Patch	`CTTCTTCTTCCTC`	-	7299050	7299062	-687	-699
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGACCCGGAGGCCCAATTA - 7299090 7299109 -727 -746

AtREG375 CCGACCCG             PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG494 CGACCCGG            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG447         GAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356          AGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352           GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418            GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG600             CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGGCCTATA - 7299131 7299139 -768 -776

AtREG649 AGGCCTAT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG487 GGCCTATA PPDB Motif PLACE Motif

REG TGGTTCGGTT - 7299171 7299180 -808 -817

AtREG655 TGGTTCGG   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG451 GGTTCGGT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG556   GTTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TCGGTTTAG - 7299238 7299246 -875 -883

AtREG514 TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511 CGGTTTAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGACCCGGAGGCCCAATTA`		-	7299090	7299109	-727	-746
	AtREG375	`CCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG494	`CGACCCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG447	`GAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG600	`CCCAATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGGCCTATA`		-	7299131	7299139	-768	-776
	AtREG649	`AGGCCTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG487	`GGCCTATA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TGGTTCGGTT`		-	7299171	7299180	-808	-817
	AtREG655	`TGGTTCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG451	`GGTTCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG556	`GTTCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TCGGTTTAG`		-	7299238	7299246	-875	-883
	AtREG514	`TCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG511	`CGGTTTAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None