version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G22044.1

Summary of Gene (AT5G22044.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G22044  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G22044.1  
Description pseudogene of zinc finger (C3HC4-type RING finger) protein  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 7298989-7300188)

Genome position     
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G22044.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT5G22040.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G22044.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone-7299029AT5G22040.1, AT5G22040.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCTTCTTCC-72990117299021AT5G22040.1, AT5G22040.2
Y PatchCTTCTTCTTCCTC-72990507299062AT5G22040.1, AT5G22040.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCGACCCGGAGGCCCAATTA-72990907299109AT5G22040.1, AT5G22040.2
 AtREG375CCGACCCG             PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG494 CGACCCGG            PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG447        GAGGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356         AGGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352          GGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG418           GCCCAATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG600            CCCAATTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAGGCCTATA-72991317299139AT5G22040.1, AT5G22040.2
 AtREG649AGGCCTAT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG487 GGCCTATA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTGGTTCGGTT-72991717299180AT5G22040.1, AT5G22040.2
 AtREG655TGGTTCGG   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG451 GGTTCGGT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG556  GTTCGGTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTCGGTTTAG-72992387299246AT5G22040.1, AT5G22040.2
 AtREG514TCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG511 CGGTTTAG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.