version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G23080.1

Summary of Gene (AT5G23080.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G23080  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G23080.1  
Description Interacts with TATA-box binding protein 2. Contains domains with strong similarity to G-patch and SWAP domains, characteristic of RNA binding and processing proteins. Colocalizes with the splicing regulator SRp34 to subnuclear particles. Role in RNA binding or processing. Mutants display developmental defects, including reduced plant height, polycotyly, and reduced vascularization. Strong genetic interaction between TGH and AMP1.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 7749889-7748690)

Genome position     
from initiation codon
AT5G23080.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G23080.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence











 
AT5G23090.1         
AT5G23090.2         
AT5G23090.3         
AT5G23090.4         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G23080.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG8-7748947-58

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone-7748928-39

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTCTTCTTCTTCTCTCT-77489487748965-59-76
Y PatchTCTCCTCC-77489837748990-94-101
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGACCCGAACCAGGCCCAGA-77489937749011-104-122
 AtREG597GACCCGAA            PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 AtREG655   CCGAACCA         PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG619        CCAGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG370         CAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG410          AGGCCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG397           GGCCCAGA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGCTAATGGGCCGAA-77490167749028-127-139
 AtREG558CTAATGGG      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG357 TAATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361  AATGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG380   ATGGGCCG   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG393    TGGGCCGA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG427     GGGCCGAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGCGGCGCGTGAA-77490727749082-183-193
 AtREG538CGGCGCGT    PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG486 GGCGCGTG   PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG395  GCGCGTGA  PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG631   CGCGTGAADrought PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAAGCGCGTGAA-77491117749121-222-232
 AtREG492AAGCGCGT    PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG381 AGCGCGTG   PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG395  GCGCGTGA  PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG631   CGCGTGAADrought PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGTCGTTTA-77491407749147-251-258
 AtREG565GTCGTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakTclone+7749070AT5G23090.2, AT5G23090.3, AT5G23090.1, AT5G23090.4
TSS clone peakCclone+7749119AT5G23090.2, AT5G23090.3, AT5G23090.1, AT5G23090.4

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTGCTATA+77490477749054AT5G23090.1, AT5G23090.2, AT5G23090.3, AT5G23090.4
Y PatchCTTCTTCC+77491247749131AT5G23090.1, AT5G23090.2, AT5G23090.3, AT5G23090.4
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTCTGGGCCTGGTTCGGGTC+77489937749011AT5G23090.1, AT5G23090.2, AT5G23090.3, AT5G23090.4
 AtREG397TCTGGGCC            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG410 CTGGGCCT           PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG370  TGGGCCTG          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG619   GGGCCTGG         PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG655        TGGTTCGG    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG597           TTCGGGTC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGTTCGGCCCATTAG+77490167749028AT5G23090.1, AT5G23090.2, AT5G23090.3, AT5G23090.4
 AtREG427TTCGGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG393 TCGGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG380  CGGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG361   GGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG357    GCCCATTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG558     CCCATTAG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTCACGCGCC+77490727749081AT5G23090.1, AT5G23090.2, AT5G23090.3, AT5G23090.4
 AtREG631TTCACGCG  Drought PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG395 TCACGCGC  PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG486  CACGCGCC PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.