PlantPromoterDB promoter information of AT5G23290.1

Summary of Gene (AT5G23290.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G23290 TAIR NCBI
Gene model	AT5G23290.1
Description	PREFOLDIN 5 (PDF5); FUNCTIONS IN: unfolded protein binding; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: prefoldin complex; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Prefoldin alpha-like (InterPro:IPR004127), Prefoldin (InterPro:IPR009053), Prefoldin alpha subunit (InterPro:IPR011599); Has 365 Blast hits to 365 proteins in 170 species: Archae - 46; Bacteria - 3; Metazoa - 137; Fungi - 83; Plants - 26; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 70 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 7845144-7846343)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G23290.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G23290.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 10 + 7846102 -42

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	10	+	7846102	-42

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 7846081 -63

TSS clone T clone + 7846085 -59

TSS clone A clone + 7846120 -24

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	7846081	-63
TSS clone	`T`	clone	+	7846085	-59
TSS clone	`A`	clone	+	7846120	-24

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAAGGCC + 7845966 7845973 -178 -171

AtREG416 TTAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAATGGGCCAATATGGGCCTTAT + 7845995 7846018 -149 -126

AtREG443 TAAATGGG                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490    ATGGGCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484     TGGGCCAA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG446      GGGCCAAT            CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG432            ATATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364             TATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354              ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353               TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351                GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG425                 GGCCTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TAACGGGC + 7846054 7846061 -90 -83

AtREG399 TAACGGGC PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAAGGCC`		+	7845966	7845973	-178	-171
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAATGGGCCAATATGGGCCTTAT`		+	7845995	7846018	-149	-126
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG446	`GGGCCAAT`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG425	`GGCCTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TAACGGGC`		+	7846054	7846061	-90	-83
	AtREG399	`TAACGGGC`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None