version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G23660

Summary of Gene (AT5G23660)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G23660  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G23660  
Description homolog of the Medicago nodulin MTN3  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 7981746-7980547)

Genome position     
from initiation codon
AT5G23665.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G23660                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT5G23665           
AT5G23665.1         
AT5G23670.1         
AT5G23670.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G23660

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG26-7973922-126

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone-7973925-129
TSS cloneGclone-7973922-126
TSS cloneTclone-7973921-125

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCCTCTATAAATA-79739517973962-155-166
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGCCTAAACCGAA-79742047974216-408-420
 AtREG430GGCCTAAA      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG511   CTAAACCG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514    TAAACCGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568     AAACCGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG8+7981691AT5G23670.1, AT5G23670.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+7981641AT5G23670.1, AT5G23670.2
TSS cloneGclone+7981691AT5G23670.1, AT5G23670.2
TSS cloneGclone+7981692AT5G23670.1, AT5G23670.2
TSS cloneAclone+7981693AT5G23670.1, AT5G23670.2
TSS cloneGclone+7981694AT5G23670.1, AT5G23670.2
TSS cloneGclone+7981695AT5G23670.1, AT5G23670.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATTTGGGCCTAG+79815327981543AT5G23670.1, AT5G23670.2
 AtREG421ATTTGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG373 TTTGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  TTGGGCCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358   TGGGCCTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG475    GGGCCTAG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGCAAGGCCCAAG+79815617981571AT5G23670.1, AT5G23670.2
 AtREG398CAAGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353 AAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  AGGCCCAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG505   GGCCCAAG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.