PlantPromoterDB promoter information of AT5G24160.1

Summary of Gene (AT5G24160.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G24160 TAIR NCBI
Gene model	AT5G24160.1
Description	SQUALENE MONOXYGENASE 6 (SQE6); FUNCTIONS IN: squalene monooxygenase activity, oxidoreductase activity, FAD binding; INVOLVED IN: sterol biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Squalene epoxidase (InterPro:IPR013698), Aromatic-ring hydroxylase-like (InterPro:IPR003042), FAD dependent oxidoreductase (InterPro:IPR006076); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SQP1; squalene monooxygenase (TAIR:AT5G24150.1); Has 1582 Blast hits to 1580 proteins in 395 species: Archae - 5; Bacteria - 599; Metazoa - 106; Fungi - 174; Plants - 91; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 607 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 8188651-8187452)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G24160.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G24165.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G24160.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak C 5 + 8188559 AT5G24165.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`C`	5	+	8188559	AT5G24165.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 8188561 AT5G24165.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	8188561	AT5G24165.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATAAACCGT + 8188312 8188320 AT5G24165.1

AtREG598 ATAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG652 TAAACCGT PPDB Motif PLACE Motif

REG CCCAATTG + 8188452 8188459 AT5G24165.1

AtREG647 CCCAATTG PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAAGCCCATCCAACG + 8188473 8188488 AT5G24165.1

AtREG409 AAAAGCCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG586         ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG TCAGCCCATTAGCCCATTA + 8188500 8188518 AT5G24165.1

AtREG609 TCAGCCCA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372   AGCCCATTAGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357    GCCCATTAGCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG558     CCCATTAG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG571         TTAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581          TAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY