PlantPromoterDB promoter information of AT5G24313.1

Summary of Gene (AT5G24313.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G24313 TAIR NCBI
Gene model	AT5G24313.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; Has 3 Blast hits to 3 proteins in 1 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 3; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 8278351-8277152)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G24313.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G24314.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G24313.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 8277402 -51

TSS clone peak T clone - 8277370 -19

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	8277402	-51
TSS clone peak	`T`	clone	-	8277370	-19

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TGTATATACA - 8277427 8277436 -76 -85

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TGTATATACA`	-	8277427	8277436	-76	-85
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGTCATTT - 8277609 8277616 -258 -265

AtREG657 CGTCATTT PPDB Motif PLACE Motif

REG AACCGAACCGG - 8277631 8277641 -280 -290

AtREG556 AACCGAAC    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451 ACCGAACC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG456   CCGAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423    CGAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TCCGGTTCGGTTTAA - 8277685 8277699 -334 -348

AtREG579 TCCGGTTC        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423 CCGGTTCG       PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG456   CGGTTCGG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451    GGTTCGGT     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG556     GTTCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568      TTCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514       TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473        CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGTCATTT`		-	8277609	8277616	-258	-265
	AtREG657	`CGTCATTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AACCGAACCGG`		-	8277631	8277641	-280	-290
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TCCGGTTCGGTTTAA`		-	8277685	8277699	-334	-348
	AtREG579	`TCCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CCGGTTCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG456	`CGGTTCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`GGTTCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG556	`GTTCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG473	`CGGTTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 8277739 AT5G24314.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	8277739	AT5G24314.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 8277742 AT5G24314.1

TSS clone T clone + 8277745 AT5G24314.1

TSS clone T clone + 8277747 AT5G24314.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	8277742	AT5G24314.1
TSS clone	`T`	clone	+	8277745	AT5G24314.1
TSS clone	`T`	clone	+	8277747	AT5G24314.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATATAAAAT + 8277708 8277717 AT5G24314.1

Y Patch CTTCCTTC + 8277754 8277761 AT5G24314.1

Y Patch TTCTTCTCC + 8277767 8277775 AT5G24314.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATATAAAAT`	+	8277708	8277717	AT5G24314.1
Y Patch	`CTTCCTTC`	+	8277754	8277761	AT5G24314.1
Y Patch	`TTCTTCTCC`	+	8277767	8277775	AT5G24314.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAATGACG + 8277609 8277616 AT5G24314.1

AtREG657 AAATGACG PPDB Motif PLACE Motif

REG CCGGTTCGGTT + 8277631 8277641 AT5G24314.1

AtREG423 CCGGTTCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG456 CGGTTCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451   GGTTCGGT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG556    GTTCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTAAACCGAACCGG + 8277685 8277698 AT5G24314.1

AtREG473 TTAAACCG       PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556    AACCGAAC    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451     ACCGAACC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG456      CCGAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423       CGAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif