version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G24780

Summary of Gene (AT5G24780)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G24780  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G24780  
Description encodes an acid phosphatase similar to soybean vegetative storage proteins. Gene expression is induced by wounding and jasmonic acid.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 8502939-8501740)

Genome position     
from initiation codon
AT5G24770.1         
AT5G24770.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G24780                        5'->3' (-)
Promoter sequence



 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G24780

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA490-8508923-34

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-8508927-38
TSS cloneAclone-8508925-36
TSS cloneCclone-8508924-35
TSS cloneAclone-8508923-34
TSS cloneCclone-8508922-33

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxATTATATAAT-85089518508960-62-71
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGATAATGGG-85090548509061-165-172
 AtREG546ATAATGGG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAACGACACG-85091408509148-251-259
 AtREG527AACGACAC DREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG428 ACGACACGABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA34-8501877AT5G24770.1, AT5G24770.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-8501884AT5G24770.1, AT5G24770.2
TSS cloneAclone-8501883AT5G24770.1, AT5G24770.2
TSS cloneAclone-8501882AT5G24770.1, AT5G24770.2
TSS cloneCclone-8501881AT5G24770.1, AT5G24770.2
TSS cloneAclone-8501880AT5G24770.1, AT5G24770.2
TSS cloneTclone-8501879AT5G24770.1, AT5G24770.2
TSS cloneAclone-8501858AT5G24770.1, AT5G24770.2
TSS cloneCclone-8501855AT5G24770.1, AT5G24770.2
TSS cloneTclone-8501852AT5G24770.1, AT5G24770.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCATTATAAATA-85019078501917AT5G24770.1, AT5G24770.2
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCAAAACGCC-85020988502106AT5G24770.1, AT5G24770.2
 AtREG585CAAAACGC  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE MotifCAAAACGC 
 AtREG650 AAAACGCC PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.