PlantPromoterDB promoter information of AT5G24810.1

Summary of Gene (AT5G24810.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G24810 TAIR NCBI
Gene model	AT5G24810.1
Description	ABC1 family protein; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, plasma membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ABC-1 (InterPro:IPR004147), Beta-lactamase-type transpeptidase fold (InterPro:IPR012338), Beta-lactamase-related (InterPro:IPR001466), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATATH13; transporter (TAIR:AT5G64940.2); Has 11583 Blast hits to 11540 proteins in 1287 species: Archae - 93; Bacteria - 6015; Metazoa - 395; Fungi - 388; Plants - 356; Viruses - 16; Other Eukaryotes - 4320 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 8523616-8522417)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G24810.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G24820.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G24810.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 8522767 -151

TSS clone peak A clone - 8522711 -95

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	8522767	-151
TSS clone peak	`A`	clone	-	8522711	-95

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGCGTTTT - 8522761 8522769 -145 -153

AtREG633 ACGCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG566 CGCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG GTGGGTCCCA - 8522840 8522849 -224 -233

AtREG523 GTGGGTCC   PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG615 TGGGTCCC ABA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG596   GGGTCCCA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG AAAAAGCCCAACA - 8522869 8522881 -253 -265

AtREG589 AAAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG574     AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG543      GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

REG TTGGGCTTATTGGGCCCATAA - 8522892 8522912 -276 -296

AtREG407 TTGGGCTT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426 TGGGCTTA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462   GGGCTTAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611      CTTATTGG         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417       TTATTGGG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355        TATTGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352         ATTGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG392          TTGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422           TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391            GGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364             GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394              GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GATGACGTGGCCCATTG - 8522927 8522943 -311 -327

AtREG578 GATGACGT          ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG483 ATGACGTG         PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG419   TGACGTGG        PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG388    GACGTGGC       PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG445       GTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG490        TGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361         GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG551          GCCCATTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGCGTTTT`		-	8522761	8522769	-145	-153
	AtREG633	`ACGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG566	`CGCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`GTGGGTCCCA`		-	8522840	8522849	-224	-233
	AtREG523	`GTGGGTCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG615	`TGGGTCCC`	ABA	PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG596	`GGGTCCCA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`AAAAAGCCCAACA`		-	8522869	8522881	-253	-265
	AtREG589	`AAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG574	`AGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG543	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`
REG	`TTGGGCTTATTGGGCCCATAA`		-	8522892	8522912	-276	-296
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG392	`TTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`GGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GATGACGTGGCCCATTG`		-	8522927	8522943	-311	-327
	AtREG578	`GATGACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG483	`ATGACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG419	`TGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG388	`GACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG445	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GCCAC, GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG551	`GCCCATTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None