PlantPromoterDB promoter information of AT5G25080.1

Summary of Gene (AT5G25080.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G25080 TAIR NCBI
Gene model	AT5G25080.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sas10/Utp3/C1D (InterPro:IPR007146), Exosome-associated factor Rrp47/DNA strand repair C1D (InterPro:IPR011082); Has 137 Blast hits to 137 proteins in 56 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 76; Fungi - 42; Plants - 16; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 8642782-8643981)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G25080.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G25070.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G25080.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 + 8643707 -75

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	+	8643707	-75

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 8643684 -98

TSS clone G clone + 8643697 -85

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	8643684	-98
TSS clone	`G`	clone	+	8643697	-85

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAATGGGCCTTAA + 8643555 8643568 -227 -214

AtREG396 TTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351      GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG416       GGCCTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG CTTGGGCCTATTAACGGCCCATAT + 8643582 8643605 -200 -177

AtREG505 CTTGGGCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356 TTGGGCCT                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358   TGGGCCTA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG362    GGGCCTAT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG424     GGCCTATT             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG377             AACGGCCC     PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC

AtREG368              ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380               CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364                GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432                 GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCTGACGT + 8643614 8643621 -168 -161

AtREG515 GCTGACGT SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAATGGGCCTTAA`		+	8643555	8643568	-227	-214
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG416	`GGCCTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTTGGGCCTATTAACGGCCCATAT`		+	8643582	8643605	-200	-177
	AtREG505	`CTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG362	`GGGCCTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG424	`GGCCTATT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG377	`AACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA, AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG368	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCTGACGT`		+	8643614	8643621	-168	-161
	AtREG515	`GCTGACGT`	SA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 - 8643504 AT5G25070.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	-	8643504	AT5G25070.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 8643491 AT5G25070.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	8643491	AT5G25070.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTAAGGCCCATTAA - 8643555 8643568 AT5G25070.1

AtREG416 TTAAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351 TAAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396       CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG ATATGGGCCGTTAATAGGCCCAAG - 8643582 8643605 AT5G25070.1

AtREG432 ATATGGGC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368    TGGGCCGT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG377     GGGCCGTT             PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC

AtREG424             AATAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG362              ATAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358               TAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356                AGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG505                 GGCCCAAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG ACGTCAGC - 8643614 8643621 AT5G25070.1

AtREG515 ACGTCAGC SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG TTTCCGGTTA - 8643702 8643711 AT5G25070.1

AtREG644 TTTCCGGT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534 TTCCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG621   TCCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR