version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G25460.1

Summary of Gene (AT5G25460.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G25460  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G25460.1  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF642 (InterPro:IPR006946); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G11420.1); Has 182 Blast hits to 159 proteins in 12 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 180; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 8856630-8857829)

Genome position     
from initiation codon
AT5G25450.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G25460.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence





 
AT5G25440.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G25460.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA102+8863394-36

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+8863363-67
TSS cloneAclone+8863391-39
TSS cloneAclone+8863394-36
TSS cloneCclone+8863395-35

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCCCTTATAA+88633578863365-73-65
Y PatchCTCTCTTT+88633798863386-51-44
Y PatchTTCTCTCTTCC+88634138863423-17-7
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCCAATTG+88631038863110-327-320
 AtREG647CCCAATTG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCCACGTGGG+88632768863285-154-145
 AtREG464CCCACGTGGGABA, Auxin, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4+8857000AT5G25450.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone-8856758AT5G25440.1
TSS clone peakGclone-8856750AT5G25440.1
TSS cloneTclone-8856747AT5G25440.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCCTCTCTTCTTC-88567628856774AT5G25440.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAGTCAA+88568008856807AT5G25450.1
 AtREG632AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGAAAACGCGTTT+88568108856820AT5G25450.1
 AtREG566AAAACGCG    PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG633 AAACGCGTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGACGCGTTTTA+88568368856845AT5G25450.1
 AtREG633ACGCGTTT   PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG566 CGCGTTTT  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG564  GCGTTTTA PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGACGACGCCGTTTT+88568598856871AT5G25450.1
 AtREG537ACGACGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG540  GACGCCGT    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG497   ACGCCGTT   PPDB MotifAAACG(C/G), CCAACGG  PLACE Motif 
 AtREG524    CGCCGTTT  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG531     GCCGTTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGACGCCGTTT+88568908856898AT5G25450.1
 AtREG497ACGCCGTT  PPDB MotifAAACG(C/G), CCAACGG  PLACE Motif 
 AtREG524 CGCCGTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGTTGACTTT-88568008856807AT5G25440.1
 AtREG632TTGACTTT PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGAAACGCGTTTT-88568108856820AT5G25440.1
 AtREG633AAACGCGTTT  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG566   CGCGTTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGTAAAACGCGT-88568368856845AT5G25440.1
 AtREG564TAAAACGC   PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG566 AAAACGCG  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG633  AAACGCGT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGAAAACGGCGTCGT-88568598856871AT5G25440.1
 AtREG531AAAACGGC      PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG524 AAACGGCG     PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG497  AACGGCGT    PPDB MotifAAACG(C/G), CCAACGG  PLACE Motif 
 AtREG540   ACGGCGTC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG537     GGCGTCGT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAAACGGCGT-88568908856898AT5G25440.1
 AtREG524AAACGGCG  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG497 AACGGCGT PPDB MotifAAACG(C/G), CCAACGG  PLACE Motif 
REGGAAACGACGCC-88570388857048AT5G25440.1
 AtREG576GAAACGAC    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG415 AAACGACG   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG439  AACGACGC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG537   ACGACGCC PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.