PlantPromoterDB promoter information of AT5G25757.1

Summary of Gene (AT5G25757.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G25757 TAIR NCBI
Gene model	AT5G25757.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G25754.1); Has 298 Blast hits to 292 proteins in 123 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 156; Fungi - 59; Plants - 28; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 55 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 8968460-8967261)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G25757.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G25760.1 AT5G25760.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G25757.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 26 - 8967504 -44

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	26	-	8967504	-44

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 8967542 -82

TSS clone G clone - 8967541 -81

TSS clone A clone - 8967503 -43

TSS clone G clone - 8967502 -42

TSS clone A clone - 8967471 -11

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	8967542	-82
TSS clone	`G`	clone	-	8967541	-81
TSS clone	`A`	clone	-	8967503	-43
TSS clone	`G`	clone	-	8967502	-42
TSS clone	`A`	clone	-	8967471	-11

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAACCGGAT - 8967552 8967560 -92 -100

AtREG521 AAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG561 AACCGGAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GAACCGGT - 8967576 8967583 -116 -123

AtREG528 GAACCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ATAACCGGAT - 8967588 8967597 -128 -137

AtREG548 ATAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG621 TAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG561 AACCGGAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCGAACCA - 8967633 8967640 -173 -180

AtREG655 CCGAACCA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAACCGGAT`		-	8967552	8967560	-92	-100
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG561	`AACCGGAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GAACCGGT`		-	8967576	8967583	-116	-123
	AtREG528	`GAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`ATAACCGGAT`		-	8967588	8967597	-128	-137
	AtREG548	`ATAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG621	`TAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG561	`AACCGGAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CCGAACCA`		-	8967633	8967640	-173	-180
	AtREG655	`CCGAACCA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak T clone + 8967689 AT5G25760.1, AT5G25760.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`T`	clone	+	8967689	AT5G25760.1, AT5G25760.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None