PlantPromoterDB promoter information of AT5G27640.2

Summary of Gene (AT5G27640.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G27640 TAIR NCBI
Gene model	AT5G27640.2
Description	encodes a member of eukaryotic translation initiation factor 3B family.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 9785759-9784560)

`Genome position from initiation codon` `AT5G27640.1 TSS from cDNA TSS information AT5G27640.2 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G27650.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G27640.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 9785240 -481

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	9785240	-481

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 9785288 -529

TSS clone A clone - 9785287 -528

TSS clone T clone - 9785220 -461

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	9785288	-529
TSS clone	`A`	clone	-	9785287	-528
TSS clone	`T`	clone	-	9785220	-461

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCTTCTT - 9785223 9785234 -464 -475

Y Patch CTCCTTCTTCCTC - 9785247 9785259 -488 -500

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCTTCTT`	-	9785223	9785234	-464	-475
Y Patch	`CTCCTTCTTCCTC`	-	9785247	9785259	-488	-500
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACGTCGT - 9785288 9785295 -529 -536

AtREG431 GACGTCGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG ATAAGCCC - 9785308 9785315 -549 -556

AtREG462 ATAAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATTGGGCTTACCCGGCCCATATA - 9785323 9785346 -564 -587

AtREG418 AATTGGGC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402 ATTGGGCT                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG404            CCCGGCCC      CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG457             CCGGCCCA     CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380              CGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364               GGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432                GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620                 CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACGTCGT`		-	9785288	9785295	-529	-536
	AtREG431	`GACGTCGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`ATAAGCCC`		-	9785308	9785315	-549	-556
	AtREG462	`ATAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATTGGGCTTACCCGGCCCATATA`		-	9785323	9785346	-564	-587
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG404	`CCCGGCCC`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG457	`CCGGCCCA`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG620	`CCCATATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 10 + 9785407 AT5G27650.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	10	+	9785407	AT5G27650.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 9785407 AT5G27650.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	9785407	AT5G27650.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTTCTCTC + 9785376 9785385 AT5G27650.1

Y Patch TCTCTTTC + 9785419 9785426 AT5G27650.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTTCTCTC`	+	9785376	9785385	AT5G27650.1
Y Patch	`TCTCTTTC`	+	9785419	9785426	AT5G27650.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ACGACGTC + 9785288 9785295 AT5G27650.1

AtREG431 ACGACGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG GGGCTTAT + 9785308 9785315 AT5G27650.1

AtREG462 GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATATGGGCCGGGTAAGCCCAATT + 9785323 9785346 AT5G27650.1

AtREG620 TATATGGG                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364   TATGGGCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380    ATGGGCCG              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG457     TGGGCCGG             CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG404      GGGCCGGG            CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG426              TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407               AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402                AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG418                 GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif