PlantPromoterDB promoter information of AT5G27770.1

Summary of Gene (AT5G27770.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G27770 TAIR NCBI
Gene model	AT5G27770.1
Description	60S ribosomal protein L22 (RPL22C); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic large ribosomal subunit, ribosome, nucleolus, plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L22e (InterPro:IPR002671); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L22-2 (RPL22B) (TAIR:AT3G05560.3); Has 492 Blast hits to 492 proteins in 173 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 251; Fungi - 89; Plants - 73; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 79 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 9835166-9836365)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G27770.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G27770.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak C 4 + 9835909 -257

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`C`	4	+	9835909	-257

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 9835907 -259

TSS clone C clone + 9835909 -257

TSS clone T clone + 9835910 -256

TSS clone T clone + 9835914 -252

TSS clone A clone + 9835919 -247

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	9835907	-259
TSS clone	`C`	clone	+	9835909	-257
TSS clone	`T`	clone	+	9835910	-256
TSS clone	`T`	clone	+	9835914	-252
TSS clone	`A`	clone	+	9835919	-247

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTCTTC + 9835902 9835912 -264 -254

Y Patch CTCCTCTT + 9835937 9835944 -229 -222

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTCTTC`	+	9835902	9835912	-264	-254
Y Patch	`CTCCTCTT`	+	9835937	9835944	-229	-222
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCGGCCCATTAG + 9835718 9835729 -448 -437

AtREG393 TCGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380 CGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361   GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357    GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG558     CCCATTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCTTG + 9835768 9835778 -398 -388

AtREG421 ATTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525    TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ATGACACG + 9835861 9835868 -305 -298

AtREG438 ATGACACG ABA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCGGCCCATTAG`		+	9835718	9835729	-448	-437
	AtREG393	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG558	`CCCATTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCTTG`		+	9835768	9835778	-398	-388
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG525	`TGGGCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`ATGACACG`		+	9835861	9835868	-305	-298
	AtREG438	`ATGACACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None